Англосаксонская
Первое христианское здание на этом месте было основано Этельдредой, дочерью короля Восточной Англии. В 673 году она основала и управляла монастырем в Эли, а после ее смерти в память о ней там была построена святыня.
Норман
Собор игумена Симеона
Строительство нынешнего собора было начато аббатом Симеоном (1082-1094) в 1083 году. Англосаксонская церковь была снесена, но некоторые ее реликвии, например, останки благотворителей, были перенесены в собор. Главные трансепты были построены раньше, пересекая неф под центральной башней, и являются самой старой сохранившейся частью собора. Строительные работы продолжались на протяжении всего 12 века. Западные трансепты и башня были завершены в пышном романском стиле с богатым декором из пересекающихся арок и сложной лепнины.
Элементы ранней готики
Галилейское крыльцо было добавлено при епископе Юстасе (1198-1215 гг.) в стиле ранней английской готики. Изначально это было двухэтажное сооружение, где литургические процессии могли собираться перед входом в неф. В 18 веке он был раскрыт в единое сводчатое пространство. Некоторые детали его декора, особенно "синкопированные арки" и использование валов из пурбекского мрамора, отражают влияние хора Святого Хью в соборе Линкольна, построенного несколькими годами ранее.
В 1234 году начались работы по возведению новой восточной части, заменив короткий нормандский алтарь гораздо более грандиозным 10-нефным сооружением. Алтарь Нортволда, завершенный примерно к 1252 году, перенял несколько стилистических элементов, уже использовавшихся в Галилейской паперти.
Позже
Во время роспуска монастырей Генрихом VIII, монастырь в Эли был распущен в 1539 году. Эли пострадал меньше, чем многие другие монастыри, но даже в этом случае статуи были уничтожены вместе с резьбой и витражами. Святилище святой Этельдреды было разрушено.
В 1541 году собор был вновь основан с капитулом из восьми каноников, как и Королевская школа. Роберт Стюард, последний настоятель монастыря, стал первым деканом.