Первое поселение было около 25000 лет назад. Настоящие постоянные поселения (а не только охотников-собирателей) были основаны по крайней мере уже 5000 лет до н.э. 4000 лет спустя кельты построили поселение в Маастрихте. Предположительно, они поклонялись речному богу. Римский город был построен около 0 г. н.э., что сделало Маастрихт старейшим городом Нидерландов (вместе с Неймегеном). В это время Маастрихт назывался Траектум ад-Мосам. Это означает "Дорога через Маас". Римский мост в Маастрихте соединял запад с востоком, что делало Маастрихт очень стратегической точкой. Этот мост, расположенный на Экстерстраат, обрушился в 13 веке и был заменен знаменитым мостом Святой Сервы.
В раннем средневековье Маастрихт был очень важен для распространения христианства в Нидерландах. В IV веке епископ Святой Серваас был первым епископом в Нидерландах, а Onze Lieve Vrouwekerk (который также является старейшим до сих пор стоящим зданием в Нидерландах) можно назвать корнем христианства в Нидерландах. Останки сервы до сих пор хранятся в Маастрихте в гробнице.
Маастрихт получил свои городские права довольно рано, в 1204 году. Он имел стратегическое значение во время Восьмидесятилетней войны и наполеоновских войн. Поэтому Маастрихт имеет две крепости: Форт Св. Остатки этих стен можно увидеть и сегодня (в частности, Helpoort - один из немногих сохранившихся городских портов).
В начале 20-го века Маастрихт был индустриальным городом, в котором было много заводов. Ян Питер Минкелерс - ученый из Маастрихта - первым открыл угольный газ, сделав доступными первые городские огни. В 1940 году Маастрихт был завоеван немецкими войсками. Однако многие картины были спрятаны в пещерах Синт-Питерсберга - крутого холма на юго-западе Маастрихта. Там была спрятана даже De Nachtwacht. Маастрихт был освобожден 14 сентября 1944 года. В 1992 году Маастрихт был принимающим городом Европейского договора 1992 года, где был официально сформирован ЕС и принято решение о Евро.
