Национальный университет Сан-Маркос был основан 12 мая 1551 года в Лиме (
Перу) как "Реальный университет города королей" (Real Universidad de la Ciudad de los Reyes) императором
Испании Карлосом I. Это был первый университет, официально основанный (по королевскому указу) на
Американском континенте. Его первым ректором был Хуан Баутиста де ла Рока. В первые годы своего существования он был монастырским учреждением. Педро Фернандес Валенсуэла стал его первым светским ректором в 1571 году. 17 сентября 1574 года имя евангелиста "Сан Маркос" (Святого Марка) было выбрано в качестве официального названия главного университета вице-короля Перу.
Университет Сан-Маркос начал свои занятия с изучения теологии и искусств, через несколько лет были введены изучение права и медицины. Вице-король Перу Франсиско де Толедо помог секуляризации университета, тогда ректором можно было выбрать религиозного или светского человека. В XVIII веке многие латиноамериканские интеллектуалы из университета Сан-Маркос начали критиковать колониальную систему. Сан-Маркос и колледжи Сан-Карлос и Сан-Фернандо (после присоединения к университету) находились под контролем вице-короля.
Во времена эмансипации университет был очень важной фигурой для движений за независимость. Первый Учредительный конгресс Перу состоялся в часовне университета Сан-Маркос в 1822 году. В течение 19 века университет вернулся в свое здание, известное как "Касона", рядом с университетским парком. До 1946 года университет обычно назывался Университетом Лимы, затем в том же году он получил официальное название "Национальный университет Сан-Маркос" (Universidad Nacional Mayor de San Marcos). В 1951 году был открыт Стадион Университета Сан-Маркос, в рамках празднования его 400-летия.
В настоящее время Университет Сан-Маркос имеет 20 факультетов и 62 академические школы, являясь единственным перуанским университетом, который предлагает обучение в основных областях знаний (по критериям ЮНЕСКО). Сан-Маркос считается главным перуанским университетом благодаря его важному участию в истории Перу и выдающимся выпускникам и преподавателям. Это единственный перуанский университет, среди выпускников которого есть лауреат Нобелевской премии Марио Варгас Льоса.