В средние века Шаффхаузен был городом-государством, и, согласно документам, начиная с 1045 года, чеканил собственные монеты. Некоторое время он находился под властью Габсбургов, но в 1415 году восстановил свою независимость. В 1457 году он вступил в союз с Цюрихом, а в 1501 году стал полноправным членом Швейцарской конфедерации. Первая железная дорога появилась в Шаффхаузене в 1857 году.
Шаффхаузен находится на швейцарской земле, окруженной с трех сторон Германией. 1 апреля 1944 года Шаффхаузен подвергся бомбардировочному налету самолетов ВВС армии США, которые вторглись из немецкого воздушного пространства в нейтральную Швейцарию. Хотя Соединенные Штаты немедленно предложили четыре миллиона долларов в качестве репараций, налет произошел всего через месяц после того, как швейцарские ВВС сбили американский бомбардировщик.
В 1947 году объединился с бывшей общиной Бухтален. В 1964 году он объединился с бывшей общиной Херблинген. С 2009 года Хемменталь является частью города.