История разворачивается на борту линкора HMS Indomitable в 1797 во время французских революционных войн. В начале оперы есть короткий пролог, а в конце - эпилог, во время которого старый капитан вспоминает историю, произошедшую много лет назад. Остальная часть оперы рассказывает эту историю.
Пролог
Капитан Вере, пожилой человек, вспоминает свою жизнь и время службы на флоте. Он думает о том, что случилось с Билли Баддом несколькими годами ранее, и ему становится грустно оттого, что он не смог его спасти.
Акт 1
Команда корабля "Неукротимый" работает на палубе. Там работает новый человек (Новичок). Он поскользнулся и ударился об офицера. За это новичок подвергается жестокой порке (избиению). В это же время приходит другой член команды с тремя новыми молодыми людьми, которых заставили (принудили) прийти работать на корабль. Один из этих троих - Билли Бадд.
Билли Бадд очень счастлив на своей новой работе. Однако он понимает, как жестоко с ним будут обращаться. Командует командой Клаггарт. Он - капитан-армеец, и он очень жесток. Он говорит, что считает Билли Бадда прекрасным молодым человеком, хотя у него заикание. Билли радостно прощается с кораблем, на котором он работал, под названием "Права человека". Он не видит иронии в названии этого корабля (там у него были хоть какие-то права, а теперь с ним будут плохо обращаться. Слово "неукротимый" означает: "то, что не может быть побеждено"). Клаггарту не нравится отношение Билли, и он велит Сквику внимательно следить за ним.
Послушник возвращается после порки. Ему так больно, что он не может ходить. Билли потрясен, но думает, что с ним самим не будут так обращаться, пока он подчиняется корабельным правилам.
Данскер рассказывает новичкам, что прозвище капитана Вере - "Звездный Вере". Билли считает, что это, должно быть, хороший человек, и клянется ему в верности, хотя еще не видел его. В четырехактной версии капитан Вере выходит на палубу и призывает людей к успеху в бою.
Акт 2
В своей каюте капитан Вер беседует со своими офицерами о французской революции. Они говорят о мятежах, произошедших в британском флоте. Офицеры говорят, что Билли может создать проблемы, но Вере считает, что его люди все хорошие.
Когда Билли обнаруживает, что Скрип роется в его вещах, он начинает злиться, и его заикание усиливается. Он сбивает Скрипа на землю. Клаггарт, кажется, на стороне Билли, поэтому его не наказывают. Однако Клаггарт желает зла Билли. Он дает немного денег Послушнику и говорит ему, что тот должен уговорить Билли начать мятеж, а деньги отдать Билли в качестве взятки. Послушник не решается отказаться. Билли отказывается от взятки и думает, что будет вознагражден, но Данскер предупреждает его, что Клаггарт опасен. Билли слишком наивен, чтобы понять, что говорит Данскер. Они поют дуэтом, в котором Билли поет о том, как прекрасна жизнь на корабле, а Данскер пытается предупредить Билли о Клэггарте: "Джемми-лапы спускаются на тебя".
Акт 3
Клаггарт начинает говорить Вере, что Билли может доставить неприятности, но его прерывают, когда видят французский корабль. Корабль "Неукротимый" атакует, но теряет врага из виду в тумане. Клаггарт возвращается и говорит Вере, что Билли угрожает мятеж. Вере не верит ему и посылает за Билли, чтобы Клаггарт мог поговорить с ним.
Позже, в хижине Вера, Клаггарт повторяет ложное обвинение в присутствии Билли. И снова Билли начинает заикаться от гнева. Не в силах говорить, он бьет Клаггарта и убивает его. Капитану приходится собрать офицеров. Они решают, что Билли виновен, и приговаривают его к повешению. Билли умоляет Вере спасти его, офицеры спрашивают его, что им делать, но Вере молчит. Он заходит в каюту, где держат Билли. Музыка наводит на мысль, что капитан рассказывает Билли о его смертном приговоре.
Акт 4
Данскер приносит Билли выпить. Он говорит ему, что команда готова взбунтоваться ради него, но Билли смиряется со своей участью. Рано утром команда собирается на палубе, и Билли казнят. Перед смертью он восхваляет Вере, поет: "Звездный Вер, да благословит тебя Бог!", и остальные члены экипажа вторят ему.
Эпилог
Вере, будучи уже стариком, вспоминает погребение Билли в море. Он думает о том, как юноша благословил его на смерть, и понимает, что это была настоящая доброта. Теперь Вере в мире с самим собой. Оркестр прекращает играть, и слышен голос Вэра, когда гаснет свет.
