Бонэм Картер не получила никакого формального обучения актерскому мастерству. В 1979 году она выиграла национальный конкурс сценаристов и использовала призовые деньги, чтобы оплатить свое участие в актерском каталоге "Spotlight". Впервые она снялась в возрасте 16 лет в телевизионной рекламе. У нее также была небольшая роль в телефильме "Узор из роз" в 1983 году. Ее первая главная роль была в фильме "Леди Джейн" в 1984 году, который получил смешанные отзывы. Она сыграла королеву Англии, когда получила роль Анны Болейн в мини-сериале ITV1 "Генрих VIII". Она была ограничена в актерской деятельности, так как во время съемок была беременна первым ребенком.
Ее прорывным выступлением стал фильм "Комната с видом" в 1985 году, где она сыграла Люси Ханичерч. Картер также появилась в эпизодах сериала "Полиция Майами" в роли любовного интереса Дона Джонсона в сезоне 1986-87 годов. Она прослушивалась на роль Нэнси Спунген в фильме "Сид и Нэнси" в 1986 году, но проиграла роль Хлое Вебб. Эти ранние роли привели к тому, что ее стали называть "королевой корсета" и "английской розой". Она расширила свой актерский диапазон в более поздних фильмах, таких как "Бойцовский клуб", "Уоллес и Громит: The Curse of the Were-Rabbit", а также в фильмах Тима Бертона "Чарли и шоколадная фабрика", "Труп невесты", "Крупная рыба" и "Суини Тодд".
Бонэм Картер сыграла Беллатрису Лестрейндж в фильмах "Гарри Поттер и Орден Феникса", "Гарри Поттер и Принц-полукровка" и "Гарри Поттер и Дары Смерти", части 1 и 2. Она получила хорошие отзывы о роли Лестрейндж, так как ее назвали "блестящим, но недостаточно используемым талантом". Затем она сыграла миссис Ловетт в "Суини Тодде", который также вышел в 2007 году.
В мае 2006 года Бонэм Картер запустила свою собственную линию одежды под названием "The Pantaloonies" вместе с дизайнером купальников Самантой Сейдж. Первая коллекция называется "Bloomin' Bloomers" и представляет собой подборку камзолов, чепчиков и распашонок в викторианском стиле. Сейчас они работают над джинсами Pantaloonies, которые Картер описывает как "своего рода альбом для записей".
Картер планирует вернуться на Вест-Энд с появлением в "Поцелуе Рубинштейна". Однако постановка пьесы была отложена из-за ее плотного графика. Премьера спектакля должна была состояться в ноябре 2004 года, но была отложена. В сентябре 2008 года режиссер "Дикой мишени" Джонатан Линн подтвердил, что Картер отказалась от участия в фильме из-за трудностей со съемками. Затем он сообщил, что она присоединилась к актерскому составу фильма Тима Бертона "Алиса в стране чудес" 2010 года, где она сыграла роль Красной королевы. В этом фильме она снималась вместе с актерами Джонни Деппом, Энн Хэтэуэй, Кристофером Ли и Аланом Рикманом. Бонэм Картер и Хэтэуэй сыграли двух сестер-дуэлянток, Красную и Белую королевы.
В начале 2009 года Бонэм Картер была включена в список 10 лучших британских актрис всех времен по версии газеты The Times. Она вошла в список вместе с другими британскими актрисами - Джули Эндрюс, Хелен Миррен, Джуди Денч и Одри Хепберн.
Бонэм Картер сыграла известную писательницу Энид Блайтон в биографическом фильме телеканала BBC4 "Энид", рассказывающем о жизни писательницы. Этот фильм вышел в эфир 16 ноября 2009 года. Картер снялась вместе с Мэттью Макфадьеном и Денисом Лоусоном.