Ф. В. де Клерк родился в Йоханнесбурге в 1936 году. Он сын Йоханнеса де Клерка (1903-1979) и Хендрины Корнелии де Клерк (1904-2001), которая умерла всего за четыре месяца до смерти его бывшей дочери Марике Виллемсе и его брата Вимпи де Клерка (1928-2009). Его семья, название которой происходит от французской фамилии "Le Clerc", "Le Clercq" или "de Clercq", имеет гугенотское происхождение. Он поселился в стране в 1686 году, через несколько месяцев после отмены Нантского эдикта, и участвовал в различных событиях в истории африканеров. Их предки участвовали в Великом походе на поезде под руководством Пита Ретифа, чтобы избавиться от британского правления. В 1838 году три члена семьи Клерк были убиты вместе с Ретифом в королевском краале зулусов, Дингане. Позже, во время Второй бурской войны (1899-1902), дед Ф. В. Клерка дважды попадал в плен к британцам, а в 1914 году вместе с Джеймсом Барри Херцогом стал одним из основателей Национальной партии. Согласно генеалогу Кейту Мейнтжиесу и подтвержденному FW Клерка, последний также соответствует Кротоа (Еве), женщине-кои, которая служила переводчиком у голландских колонистов во время основания Колонии Головы.
Член Реформированной голландской церкви, FW by Klerk, младший сын Яна Клерка, главы школы и министра с различными портфелями (1954-1969) и председателя Сената (1969-1976), племянник Я.Г. Страйдома, главы правительства ЮАР 1954 до 1958 года. Его старший брат Вимпи де Клерк - политический аналитик и соучредитель Демократической партии в 1989 году.
Среднюю школу в Крюгерсдорпе, пригороде Йоханнесбурга, Ф. У. Клерк окончил с отличием в 1958 году в университете Потчефструма. В 1959 году он женился на Марике Виллемсе (1937-2001), с которой воспитает троих приемных детей ). Пара, Ф. У. и Марике де Клерк, развелась в 1998 году.
Во время учебы в университете он вступил в Национальную партию и стал членом Бродербонда.
Юрист из Вереенигинга, на юге Трансвааля, в 1972 году отказался от места государственного юриста в университете Потчефструма, чтобы участвовать во всеобщих выборах.