В июле 2008 года открылся App Store, изменив iTunes. Теперь Apple могла контролировать качество приложений и добавлять дополнительные цены к уже установленной стоимости приложения. Днем позже был выпущен iPhone 3G, который поставлялся с iOS 2.0.1. В этой версии была поддержка App Store, и вскоре она стала доступна для старых моделей iPhone и iPod Touch. По состоянию на 10 февраля 2012 года[update] в App Store насчитывается более миллиона приложений.
По состоянию на январь 2011 года в App Store было загружено почти 10 миллиардов приложений, о чем компания сообщила, используя "Обратный отсчет 10 миллиардов приложений". В 10:26 утра (GMT) 22 января 2011 года из Apple App Store было загружено 10-миллиардное приложение. По состоянию на июль того же года 200 миллионов пользователей загрузили из магазина более 15 миллиардов приложений. ABC Средняя прибыль с одного приложения составляет около 8 700 долларов США, но Apple не позволяет публике просматривать эти данные. В мае 2011 года Apple одобрила свое 500 000-е приложение.
Успех App Store заставил другие компании выпустить свои собственные "магазины приложений", и теперь любые аналогичные сервисы для мобильных телефонов иногда называют магазинами приложений. Однако в 2008 году компания Apple предприняла попытку зарегистрировать товарный знак на термин App Store, которая была одобрена в 2011 году. Однако в июне 2011 года окружной судья США Филлис Гамильтон заявила, что она "вероятно" отклонит попытку Apple остановить Amazon в использовании названия "App Store". 6 июля Apple проиграла судебный процесс.
Слово app сейчас является популярным словом; в начале 2011 года app было названо "Словом года 2010" Американским диалектным обществом. У компании Apple нет торговой марки на слово app, которое используется в качестве сокращения слова "приложение" по крайней мере с середины 1990-х годов, а в продуктах - с 2002 года, например, в Google Apps (впервые представленном в 2006 году).
В феврале 2011 года компания Apple анонсировала новый сервис на основе подписки, который позволит разработчикам устанавливать продолжительность и цену подписки. Ранее новые выпуски журналов или новостей продавались как отдельный выпуск. Новая функция позволила издателям продавать контент непосредственно через свои приложения, позволяя пользователям получать новые материалы в течение определенного периода времени.
Во время Всемирной конференции разработчиков 2012 года генеральный директор Apple Тим Кук заявил, что в App Store насчитывается 400 миллионов учетных записей с зарегистрированными кредитными картами, 650 000 доступных для загрузки приложений и "поразительное число загрузок 30 миллиардов приложений" из магазина приложений.
Когда был выпущен iPhone 5, Apple изменила внешний вид App Store, а также iTunes Store и iBookstore в рамках iOS 6.
7 января 2013 года компания Apple объявила, что из магазина приложений для iOS было загружено более 40 миллиардов приложений, причем около половины из них - в 2012 году.
1 февраля 2013 года компания Apple сообщила разработчикам, что они могут начать использовать сайт appstore.com для ссылок на свои приложения.
В сентябре 2013 года на Всемирной конференции разработчиков компания Apple объявила о добавлении категории "Дети" в App Store с выходом iOS 7. Категория разделена по возрастным категориям, а приложения, предназначенные для детей младше 13 лет, должны соответствовать Закону о защите конфиденциальности детей в Интернете (COPPA).
По состоянию на конец 2013 года пользователи App Store потратили в 2013 году более 10 миллиардов долларов США, а в декабре 2013 года пользователи загрузили почти три миллиарда приложений. Это был самый успешный месяц в истории App Store, а разработчики заработали более 15 миллиардов долларов США с момента создания App Store.