Город был основан в 1656 году. Впервые регион был заселен около 10 000 лет назад (эпипалеолит). Череп и другие следы были найдены в пещерах поблизости.
В середине 14-го века регион был колонизирован из южной части Валь-де-Руз. Ла-Шо-де-Фон впервые упоминается в 1350 году как Ла-Шаз-де-Фон. В 1378 году он упоминается как Шо-де-Фонт.
Регион находился под властью лордов Валанжина. В 15 и 16 веках вторая волна колонизации пришла из так называемых Кло де ля Франшиз (долины Ле Локль и Ла Сагне). Основным видом деятельности было сельское хозяйство, но деревня оставалась маленькой. В 1531 году здесь проживало всего около 35 человек. Первая церковь была построена в 1528 году. К 1530 году Ла-Шо-де-Фон, как и остальные земли Валанжина, перешли в новую реформатскую веру. Владыка Валанжина, Рене де Шаллан, установил границы прихода в 1550 году. Церковь и приход обеспечили политическую структуру, и вокруг церкви выросла небольшая община валанжинских горожан, свободных фермеров и крестьян. К 1615 году в деревне проживало 355 человек. В 1616 году низшая и средняя юрисдикция над Ла-Шо-де-Фон переместилась в Ле-Локль и Ла-Сань, а высший суд остался в Валанжине. Сельское хозяйство, дополненное мельницами на берегах Дуба, продолжало доминировать. Однако в конце XVI века город стал важным перекрестком между Невшателем, Франш-Конте и Базельским епископством.
Город вырос во время Тридцатилетней войны, в основном благодаря своему стратегическому положению для торговли. Экономическая активность ускорилась в XVIII веке с развитием в городе кружевной и часовой промышленности. Пьер Жаке-Дроз, наиболее известный своими автоматами, был особенно выдающимся часовщиком этой эпохи.
В 1794 году город был опустошен пожаром. В 1835 году Шарль-Анри Жюно создал план нового города, и теперь город известен своим "современным", похожим на решетку планом, по сравнению с извилистыми улицами большинства европейских городов. Центральный проспект назван авеню Леопольда Робера.