Первые народы Канады жили на Пойнт-Пили в течение долгого времени. Это было до того, как европейцы колонизировали эту территорию. Люди считают, что на самом большом археологическом участке, найденном в Пойнт-Пили, люди жили между 700 и 900 годами нашей эры. Название Пойнт-Пили было дано двумя священниками в 1670 году. Это были отцы Долье и Галини. Слово pelée - это французское слово, означающее "лысый".
Натуралисты и охотники хотели защитить эту территорию. Они считали, что биоразнообразие вирдов нуждается в защите от освоения земель в этом районе. Перед созданием парка была создана группа под названием Орнитологическое общество Великих озер. Они изучали миграцию птиц в этом районе. В 1915 году они рекомендовали сделать Пойнт-Пили национальным парком. Это был первый национальный парк, который был создан для защиты территории. Это изменило подход к созданию национальных парков. Когда парк был создан, в этом районе было еще много коттеджей и две гостиницы. Здесь также было много ферм и школа.
Многие коттеджи строились и после создания национального парка. После краха на Уолл-стрит в 1929 году земля в парке больше не продавалась. В 1920-х годах у парка был план развития. Предполагалось, что в парке будет построено шоссе. Начиная с 1960-х годов, в парк стало приезжать много людей. Пойнт-Пили стал национальным парком, в котором побывало больше всего людей. В 1963 году в Пойнт-Пили побывало почти 781 000 человек. Из-за того, что парк посетило много людей, была уничтожена большая часть природы и животного мира. Правительство Канады заявило, что из-за этого Пойнт-Пили больше не должен быть национальным парком.
После 1980-х годов правительство Канады начало усиленно охранять эту территорию. Они перестали разрешать автомобилям добираться до вершины. Вместо этого они пустили к нему шаттл. Они начали покупать все коттеджи в парке и удалять их. Они удалили более 350 зданий. Они также убрали две дороги. В 1989 году в парке больше не разрешалась охота на уток. В 1991 году правительство начало убивать некоторых оленей в парке, чтобы защитить растения. После этого оленей убивали еще несколько раз.
Пойнт-Пили стал заповедником темного неба в 2006 году. Это был первый национальный парк Канады, ставший заповедником темного неба. В 2006 году волны озера Эри смыли вершину. После этого, в 2007 году, вершина вновь появилась. Это произошло потому, что уровень воды в озере Эри понизился. Вершина меняется каждый год, становясь то длиннее, то короче. В 2017 году в результате пожара в Пойнт-Пили сгорела часть болотистой земли. Выгорело около 125 гектаров.