Существует также карточная игра "Покемон". Игроки используют карты покемонов для сражений друг с другом и собирают их, открывая пачки. Существуют также живые турниры, проводимые Nintendo. Урон, наносимый покемонами, подсчитывается с помощью "счетчиков урона" или предметов, которые размещаются на картах для учета урона. После того как вы сложите все цифры на счетчиках урона, вычтите их из HP (очков здоровья) карты, чтобы узнать, сколько HP осталось. В колоде игрока используется только 60 карт, шесть из которых откладываются в стопку под названием "призовые карты". После того как игрок выбивает карту противника, побежденный забирает себе одну призовую карту, лежащую лицом вниз, для покемонов не EX. В то же время, когда кто-то заставляет покемона EX упасть в обморок, он или она получает две призовые карты. У каждого игрока есть одна стопка сброса, куда отправляются потерявшие сознание покемоны. Некоторые способы победить - взять все свои призовые карты и/или заставить противника вытянуть все свои карты.
Есть карты, выполненные в виде различных покемонов, которым обычно нужны карты "Энергии" для использования атак. Есть также карты "Тренера", которые используются для дополнительных действий, кроме прямых атак покемонов, например, для увеличения количества HP у покемонов. Большинство поклонников серии согласны с тем, что хорошая колода состоит примерно из двадцати карт "покемонов", двадцати карт "энергии" и двадцати карт "тренера".
Игроки могут эволюционировать своих покемонов, находящихся на скамейке или активных покемонов. Скамейка - это место, где могут находиться покемоны, и эти покемоны могут эволюционировать с помощью своей карты эволюции. Активные покемоны тоже могут эволюционировать, но при этом они могут использовать атаки. Чтобы эволюционировать покемона, вы можете просто положить его карту эволюции сверху.
Все карты покемонов имеют типы. Тип влияет на эффективность атаки. Например, определенная карта Пикачу типа Молния может использовать атаку, которая обычно наносит 80 урона. Если Пикачу использует ее против покемона со слабостью +20 к освещению, то к обычному урону добавляется еще 20 урона, и он становится равным 100. Типы также могут снижать эффективность атак.
В карточной игре также есть особый вид покемонов, который называется "EX" покемон. Покемоны EX и GX сильнее обычных, но когда их выбивают, противник игрока тянет две свои призовые карты (у обычных покемонов - только одну). Также в карточной игре есть еще один особый тип покемонов, называемый "Delta Species", которые имеют типы, отличные от типичных карт, например, Чармандер электрического типа, который обычно огненного типа. В расширении для карточной игры "Diamond & Pearl" были введены карты "LV.X". Они немного похожи на карты эволюции, но их можно использовать только на активных покемонов. В расширении "HeartGold & SoulSilver" компания The Pokémon Company выпустила новые карты, названные картами LEGEND. Карты LEGEND - это две карты, продающиеся отдельно, которые, будучи собранными вместе, образуют одно изображение. Они могут быть использованы только тогда, когда две карты, из которых они состоят, собраны вместе; по отдельности они работать не могут.