Город вырос из фермы, принадлежавшей бывшему заключенному трактирщику Тимоти Бирду. Она находилась на берегу реки Молонгло. Первоначальное название было Квинбиан, что означает "чистые воды".
Куанбейан стал поселком в 1838 году. В нем проживало около 50 человек. Некоторые из сохранившихся до наших дней исторических зданий были построены в ранние времена. Следы золота были обнаружены в 1851 году. Здесь также было несколько свинцовых и серебряных рудников. Поселенцев часто грабили разбойники, в том числе Джон Теннант, Джеки Джеки, Фрэнк Гардинер и Бен Холл. В 1836 году правительство построило в Куинбейане почтовое отделение.
Первый банк был открыт в Куинбейане 19 сентября 1859 года. Это была Коммерческая банковская компания Сиднея Лимитед, которая сейчас является частью Национального австралийского банка. Газета "Золотой век", которая сейчас называется "Квинбейан Эйдж", была первой газетой Квинбейана, основанной в 1860 году Джоном Гейлом. В 1880 году Джон Джеймс Райт, первый мэр Куинбеяна, построил дом на берегу реки Куинбеян. В 1982 году дом стал Центром искусств Куинбейана.
В 1887 году железная дорога достигла железнодорожной станции Куинбейан, которая стала узловой для линий, идущих в Канберру и Бомбалу. В настоящее время здесь ходят два поезда в день, поезда компании Countrylink Xplorer курсируют между Канберрой и Сиднеем.
Куинбейан стал важным провинциальным городом с 16 гостиницами и шестью мукомольными мельницами, работающими на ветру, воде, лошади и паре. Канберра стала национальной столицей в 1911 году. Там не было гостиниц, поэтому люди пересекали границу, чтобы выпить в гостиницах Куинбейана. Когда в 1926 году парламент переехал в Канберру из Мельбурна, в Канберре появился первый отель.
Куинбейан стал городом 7 июля 1972 года. С 1982 по 1989 год команда регби-лиги "Канберра Рейдерс" проводила свои домашние матчи в Куинбейане, на стадионе "Сейфферт Овал".
