Залив Сан-Франциско - это мелководный продуктивный эстуарий, через который вода, стекающая по рекам Сакраменто и Сан-Хоакин с гор Сьерра-Невада и из Центральной долины, впадает в Тихий океан. Технически обе реки впадают в залив Суисун, через который протекает пролив Каркинеса, чтобы встретиться с рекой Напа на входе в залив Сан-Пабло, который соединяет на своем южном конце с заливом Сан-Франциско, хотя всю группу соединенных между собой заливов часто называют "заливом Сан-Франциско".

Залив Сан-Франциско находится в американском штате Калифорния и окружен регионом, известным как район залива Сан-Франциско, который находится рядом с большими городами Сан-Франциско, Окленд и Сан-Хосе.

Залив занимает от 400 [1] до 1600 [2] квадратных миль (от 1040 до 4160 квадратных километров), в зависимости от того, какие из подотраслей (например, залив Сан-Пабло), эстуарии, водно-болотные угодья и т.д. включены в измерение.