В 1961 году Хонеккер руководил строительством Берлинской стены. В 1971 году он начал политическую борьбу за власть. Советская сторона поддержала его, поэтому Хонеккер стал новым лидером, или генеральным секретарем, Партии социалистического единства, сменив на этом посту Вальтера Ульбрихта. В 1976 году он также стал председателем Государственного совета (Staatsratsvorsitzender).
При Хонеккере произошло значительное повышение уровня жизни, хотя в ГДР был самый высокий уровень жизни в странах Восточного блока. Стало доступно больше потребительских товаров, ускорилось строительство новых домов.
Хотя Хонеккер проявлял большую заботу о людях в отношении товаров и жилья, он не допускал критики правительства. Наиболее наглядно это проявилось в возведении Берлинской стены. В этот период около 125 граждан Восточной Германии были убиты при попытке пересечь границу с Западным Берлином.
Во внешних отношениях Хонеккер никогда бы не допустил создания единой Германии. Он был очень лоялен к СССР, но принял разрядку (т.е. установление более дружественных отношений с западными странами). При его правительстве Восточная Германия даже стала более дружественной по отношению к Западной Германии. В сентябре 1987 года он стал первым главой восточногерманского государства, посетившим Западную Германию.
В конце 1980-х годов советский лидер Михаил Горбачев ввел гласность и перестройку, реформы, направленные на либерализацию коммунизма. Однако Хонеккер и правительство Восточной Германии отказались проводить подобные реформы в РДР. По мере распространения движения за реформы по всей Центральной и Восточной Европе проходили демонстрации против восточногерманского правительства. Самой крупной была демонстрация в понедельник 1989 года в городе Лейпциг. Другие лидеры DDR решили избавиться от Хонеккера и вынудили его уйти в отставку 18 октября 1989 года. Вместо него к власти пришел Эгон Кренц.
