Губернаторство штата Байелса
Джонатан начал свою карьеру в политике в 1998 году, вступив в Народно-демократическую партию (НДП) в 1998 году. Джонатан, который был заместителем губернатора штата Байелса, сменил на этом посту губернатора Дипрейе Аламейсейгу, которому Ассамблея штата Байелса объявила импичмент после того, как его обвинили в отмывании денег в Великобритании. В сентябре 2006 года жена Джонатана была обвинена национальным агентством по борьбе с преступностью, Комиссией по экономическим и финансовым преступлениям (EFCC), в преступлениях, связанных с отмыванием денег.
Президентская гонка
В декабре 2006 года Джонатан был выбран в качестве помощника Умару Яр'Адуа в борьбе за президентский билет НДП на выборах в апреле 2007 года. 20 апреля 2007 года, незадолго до президентских выборов, произошло жестокое нападение боевиков. Полиция заявила, что люди пытались убить Джонатана. Однако этого не произошло.
Вице-президентство
После победы НДП на выборах, которые некоторые люди считали нечестными, 16 мая боевики взорвали загородный дом Джонатана в Оту-Эке, штат Байелса; в результате нападения погибли двое полицейских. Джонатана в это время там не было.
Исполняющий обязанности президента
Президент Умару Яр'Адуа покинул Нигерию 23 ноября 2009 года для лечения. Он не планировал, что кто-то возьмет на себя его обязанности. 13 января 2010 года федеральный суд передал вице-президенту Джонатану полномочия по ведению государственных дел в период длительного отсутствия президента. 22 января 2010 года Верховный суд Нигерии постановил, что у Федерального исполнительного совета (ФИС) есть 14 дней, чтобы решить, является ли президент Яр'Адуа "неспособным выполнять функции своего поста". В своем общенациональном обращении в феврале 2010 года Джонатан призвал всех нигерийцев отбросить религиозные и этнические различия и работать вместе ради общего блага. Джонатан сказал: "События последнего времени подвергли испытанию нашу коллективную решимость как демократической нации", "Я рад узнать, что наша нация продемонстрировала стойкость и единство цели".
9 февраля 2010 года Сенат решил, что президентские полномочия должны быть переданы вице-президенту. Он был назначен исполняющим обязанности президента со всеми сопутствующими полномочиями до тех пор, пока и если Яр'Адуа не вернется к полноценному здоровью. Передача власти была названа оппозиционными юристами и законодателями "переворотом без слова". Конституция Нигерии требует письменного письма от президента о том, что он не может исполнять свои обязанности, или чтобы кабинет министров направил медицинскую бригаду для его обследования, но это положение, по-видимому, не было выполнено, что оставляет некоторые сомнения в конституционности действий.
