В начале его правления империя, под совместным управлением Марка и Луция Веруса, победила возрожденную Парфянскую империю в войне с 161 по 166 год.
Непредвиденные последствия для империи были велики. Вернувшиеся войска принесли с собой чуму (так называемую антониновскую чуму), которая, возможно, была оспой. В итоге от нее погибло около 5 миллионов человек, и она сильно ослабила империю.
Аврелий сражался с германскими племенами в ходе длительной войны с 166 по 180 год. Давление со стороны готов, двигавшихся на запад, подтолкнуло оседлые германские племена к вторжению в римские государства-клиенты в Галлии и за Дунаем.
Чума, свирепствовавшая в империи, ограничивала возможности Рима. Племя маркоманнов вторглось в Италию, в которую не вторгалось почти 200 лет, и разгромило армию преторианского префекта.
Эта катастрофа заставила Марка собрать войска с других границ и направить их против маркоманнов. Римской армией командовал Клавдий Помпеян, зять Марка, а одним из его лейтенантов был будущий император Пертинакс. Захватчики были отброшены из Италии, и Марк начал планировать переправу через Дунай на их территорию.
Затем последовала интенсивная дипломатическая деятельность, поскольку римляне пытались привлечь на свою сторону различные варварские племена в рамках подготовки к переправе через Дунай. С одними племенами был подписан мирный договор, другие стали римскими союзниками. В 172 году Маркус разбил маркоманов, а в 173 году были разбиты их союзники, квади. Квади были покорены только в 174 году.
Марку помешало восстание на востоке, возглавляемое римским полководцем Авидием Кассием. Оно было подавлено армией Марка. Затем Марк вернулся в Рим. Вместе с его сыном Коммодом был отпразднован триумф.
В 177 году квады снова восстали, и к ним присоединились маркоманы. Марк прибыл на место в августе 178 года, и со временем римляне выиграли решающую битву на территории нынешней Словакии. Император Марк умер в 180 году, продолжая сражаться с германскими племенами.
В последующие пару лет были одержаны победы, достаточные для того, чтобы Коммод мог поставить себе в заслугу триумф. Сражения проводились его генералами.