Эвертон" начал свою историю в 1878 году под названием "ФК Святого Доминго". Сначала он был предназначен только для тех, кто ходил в церковь Святого Доминго, но так много людей заинтересовалось, что в клуб стали вступать и местные жители. Через год клуб был переименован в Everton Football Club, в честь района. Первый матч футбольного клуба "Эвертон" состоялся в 1879 году против команды "Сент-Питерс". Эвертон выиграл со счетом 6:0.
Эвертон" стал участником Кубка Англии в сезоне 1886/87. В первом раунде они были побеждены со счетом 1:0 командой "Рейнджерс". По мере того как футбол становился все более популярным в Англии, клубы поняли, что им нужна организованная лига. В 1888 году была основана Футбольная лига. Эвертон был одним из 12 членов-учредителей. Первые две лиги выиграл "Престон Норт Энд", а третью - "Эвертон" в 1891 году. В 1905 году они выиграли свой второй в истории трофей - Кубок Англии, но еще один завоевали только в 1916 году. Только в 1927 году "Эвертон" впервые добился длительного успеха. В 1925 году они подписали Дикси Дина, и в 1927 году он забил 60 голов в 39 матчах, установив новый мировой рекорд и приведя "Эвертон" к очередному титулу чемпиона. В 1930/1931 годах "Эвертон" был низведен во второй дивизион. Через год они снова вышли во второй дивизион, и с тех пор клуб больше не выбывал из него, за исключением 1950/51 годов (в результате чего он провел три сезона во втором дивизионе). Это делает их английской футбольной командой с наибольшим количеством сезонов подряд в высшей лиге английского футбола, не считая "Арсенала", который непрерывно играл в высшей лиге с 1919/20 года.
Второй успешный период "Эвертона" наступил после 1961 года, когда менеджером был назначен Гарри Каттерик. С Кэттериком "Эвертон" выиграл два чемпионских титула и четыре кубка в период с 1961 по 1970 год. Однако этот успех не был продолжительным, и после трех лет низких результатов в чемпионате Кэттерик ушел со своего поста. До конца 1970-х годов клуб занимал места в середине таблицы, имея ряд неудачных менеджеров. В 1981 году клуб назначил новым менеджером Говарда Кендалла. Он перевернул жизнь "Эвертона" и в итоге стал самым успешным менеджером в истории клуба, выиграв два титула чемпиона и три кубка в период с 1981 по 1987 год. Эта эпоха также принесла "Эвертону" единственный европейский титул - Кубок обладателей кубков в 1985 году. В финале они выиграли 3:1 у австрийского "Рапид Вена". В полуфинале "Эвертон" обыграл чемпионов Германии "Баварию" со счетом 3:1, и этот матч был признан величайшим матчем всех времен на "Гудисон Парк".
В 1985 году несколько болельщиков "Ливерпуля" и "Ювентуса" погибли, когда толпа начала драться на стадионе в Хейселе, Бельгия. УЕФА решил, что в основном виноваты фанаты "Ливерпуля". Из-за этого всем английским клубам было запрещено играть против европейских команд до 1991 года. Это лишило "Эвертон" возможности защитить свой титул чемпиона Европы, и команда постепенно распалась, продав многих своих лучших игроков в другие европейские клубы. В начале 90-х годов дела у клуба шли не очень хорошо, он дважды едва не выбывал из турнира и испытывал большие проблемы с деньгами. Однако они все же стали одним из первых участников новой английской Премьер-лиги, когда она стартовала в 1992 году. Они были весьма успешны при менеджере Джо Ройле, который возглавил команду в 1994 году. В своем втором сезоне он не позволил "Эвертону" вылететь из лиги и выиграл Кубок Англии - первый трофей клуба за семь лет. При Ройле клуб постоянно улучшал свои позиции, заняв 6-е и 7-е места в сезонах 1996 и 1997 годов.
Однако через два сезона результаты клуба пошли вниз, и Кендалл был уволен, едва избежав выбывания в сезоне 1998-99. Бывший игрок Уолтер Смит возглавил клуб на три сезона, но не смог добиться хороших результатов. Он потратил много денег, но не смог вывести команду на хорошие позиции в лиге. Дэвид Мойес возглавил команду в 2002 году и на сегодняшний день является одним из самых успешных менеджеров клуба. Под его руководством клуб стал регулярно входить в десятку лучших команд, заняв 4-е место в 2005 году, что стало самым высоким результатом в Премьер-лиге. Финиш на 4-м месте позволил клубу квалифицироваться в Лигу чемпионов УЕФА следующего сезона. Он покинул команду в 2013 году, после 11 лет работы.
Под его руководством в первую команду был привлечен Уэйн Руни, который был быстро продан в "Манчестер Юнайтед" за 28 миллионов фунтов стерлингов, что стало рекордом клуба. С 2005 года "Эвертон" регулярно занимал места в первой восьмерке, в 2007 году дошел до последнего 16-го места Кубка УЕФА, а в 2009 году стал победителем в финале Кубка Англии. В 2008 году Мойес снова побил трансферный рекорд, подписав Маруана Феллаини.
В конце сезона 2012-13 Мойес ушел из клуба в "Манчестер Юнайтед". Его заменил Роберто Мартинес. Он привел "Эвертон" к полуфиналу Кубка EFL и Кубка Англии в 2015-16 годах. Он был уволен за две игры до конца сезона из-за неудовлетворительных выступлений.
Летом 2016 года его сменил Рональд Куман. В своем первом сезоне в клубе он довел команду до группового этапа Лиги Европы, заняв 7-е место в предыдущем сезоне Премьер-лиги. В следующем сезоне он был уволен, оставив клуб в зоне понижения.
