Игрок начинает игру, управляя Roxas, 15-летним мальчиком, живущим в городе под названием Сумеречный город. Он находится в летнем отпуске с тремя своими лучшими друзьями - Хейнером, Пенсом и Олетт. Проходит неделя, и начинают происходить странные вещи. Появляется человек по имени Аксель, член организации XIII, который был в "Цепочке воспоминаний", и удивляется и расстраивается, что Роксас его не помнит. Они ссорятся, и Роксас обнаруживает, что может использовать клинок для ключей. Роксас также встречается с Намине и человеком по имени ДиЗ, который был в "Цепочке воспоминаний" Рику. Намине рассказывает Роксасу, что она меняет его воспоминания, чтобы он снова стал "целым". Аксель рассказывает Роксасу, что они были друзьями и что он должен либо вернуть Роксаса в Организацию, либо уничтожить его. Они сражаются, и Аксель исчезает. Затем Роксас находит Сору и исчезает сам.
После исчезновения Роксаса, Сора просыпается и становится новым персонажем игрока. Дональд и Гуфи также просыпаются, и трое из них продолжают свою миссию по поиску Рику. По мере того, как они ищут его, они встречаются с остальными членами Организации XIII и узнают, что это существа, называемые Никто. Когда Бессердечный крадет чье-то сердце, этот человек также становится Бессердечным, но если его сердце сильное, его тело становится Никто. Никто не имеет эмоций, но хочет снова иметь сердца. Ксемнас, лидер Организации XIII, пытается призвать Сердца Царства, что, как он утверждает, позволит Никто не получить свои сердца обратно. Чтобы призвать Сердца Царства, Бессердечный должен быть убит ножом-ключом, который освободит сердца, которые они держат, и позволит им вернуться в Сердце Царства. Именно по этой причине Организация хотела, чтобы Сора присоединилась к ним.
Позже выяснилось, что Роксас - Никто Сора и был членом Организации XIII. Роксас был создан, когда Сора на короткое время потеряла сердце в Царстве Сердца. Намине затем раскрывается как Никто Кайри, который был создан, когда Кайри потеряла свое сердце в начале Царства Сердце. Ксемнас - Никто из человека по имени Ксеханорт, которого больше нет. Ansem, главный враг с первой игры, был Бессердечный Xehanort.
В конце игры Сора, Кайри и Рику воссоединяются и уничтожают Xemnas. Со всеми членами Организации XIII уничтожены и миры, по-видимому, в безопасности, Сора, Рику и Кайри вернуться домой на острова Судьбы.
