Первое упоминание о Льерне относится к 854 году нашей эры, но римские останки, включая мозаичный пол, который сейчас находится в Палаццо Бельджойозо в Лекко, свидетельствуют о гораздо более раннем поселении. Название деревни может быть римского или кельтского происхождения. Между 1035 и 1202 годами она была феодом монастыря Сан-Диониджи в Милане. Льерна оспаривалась между Миланом и Комо, а также между семьями Делла Торре и Висконти. В 1499 году она перешла в руки Маркезино-Станга, а в 1533 году - к семье Сфондрати из Кремоны, которая владела ею до 1788 года. Льерна стала коммуной в 1743 году, когда она была отделена от Манделло.
В 1927 году миланский скульптор Джаннино Кастильони открыл студию в своем доме в Льерне. Он умер в Льерне 27 августа 1971 года. Он оставил в дар коммуне несколько подготовительных гипсовых слепков; в настоящее время строится музей, где они будут храниться.
В 1933 году в карьере в районе Грумо была найдена неполная окаменелость Lariosaurus balsami, нотозаврида среднего триаса (около 240 миллионов лет назад), первый образец которого был обнаружен в Перледо, примерно в 10 км к северу от Льерны. Сейчас он находится в Музее естественной истории во дворце Бельджойозо в Лекко.
