В октябрьском перевороте 1965 года армия пришла к власти после ложного утверждения о том, что убийство нескольких старших генералов было организовано Коммунистической партией Индонезии. Это было началом нового ордена Сухарто. Это правительство было жестоко антикоммунистическим. Прамедья был главой Народной культурной организации, литературной группы, связанной с Индонезийской коммунистической партией. Таким образом, режим Нового Порядка назвал его коммунистом и врагом государства. Во время жестокой антикоммунистической чистки в 1965-66 годах Прамоедя был арестован, избит и заключен в тюрьму правительством Сухарто. Он был назван политическим заключенным. Его книги были запрещены, и он был заключен в тюрьму без суда и следствия, сначала в Нуса Камбангане у южного побережья Явы, а затем в исправительной колонии Буру на восточных островах индонезийского архипелага. .
Ему было запрещено писать во время заключения на острове Буру. Но он создал свою самую известную серию работ, "Квартет Буру". Это серия из четырех исторических фантастических романов, рассказывающих о развитии индонезийского национализма. Книги частично основаны на его собственном опыте взросления. Английские названия книг: Эта Земля Человечества, Дитя всех народов, Шаги и Дом стекла. Главный герой серии носит имя Минке. Он - младший яванский король. Герой похож на индонезийского журналиста по имени Тирто Адхи Сурджо. Он активно участвовал в националистическом движении.
В квартете присутствуют сильные женские иероглифы индонезийской и китайской национальности. В книгах показано, как тяжело было этим людям жить под колониальным владычеством. Они пережили расистскую дискриминацию и нападения. Они боролись за личную и национальную политическую независимость. Эти книги типичны для большинства произведений Прамедии. Они рассказывают личные истории и фокусируются на людях, попавших в движение в истории нации.
Прамедья проводил исследования для книг перед тем, как его отправили в тюремный лагерь Буру. Когда он был арестован, его библиотека была сожжена, и большая часть его коллекции и ранних работ была утеряна. На острове тюремной колонии Буру ему не разрешили даже иметь карандаш. Прамедья думал, что он когда-нибудь сможет писать романы на бумаге. Он рассказывал истории этих романов своим товарищам по тюрьме. Другие заключенные слушали эти истории, а потом помогали ему. Они делали дополнительную работу, чтобы Прамедье не приходилось так много работать. В конце концов, он смог написать романы. Последние книги взяли свое название, "Квартет Буру", из тюрьмы, где он их создал. Они были собраны и опубликованы на английском языке. Максвелл Лейн перевел их. Они также написаны на многих других языках. К 2005 году они были опубликованы на 33 языках (BIWP). Многие люди за пределами Индонезии, однако, считают, что эти книги превосходны. Они получили множество наград. Но индонезийское правительство запретило их публикацию в Индонезии. Поэтому одно из самых известных литературных произведений Индонезии практически невозможно было найти среди народа страны, к чьей истории оно обращалось. Индонезийцы за границей сканировали копии и делились ими в интернете с людьми внутри страны.
В работах Прамедии о колониальной Индонезии признавалось значение ислама как инструмента народной оппозиции голландцам. Его работы не посвящены религии и не имеют четкой религиозной тематики. Он выступал против людей, которые использовали религию для контроля над тем, как люди думают. Иногда он писал отрицательно о религиозно благочестивых.