Мичиганский университет был основан в Детройте в 1817 году как Католическая семинария, или Мичиганский университет, губернатором и судьями Мичиганской территории. Энн Арбор зарезервировала 40 акров (16 га), которые, как она надеялась, станут местом для новой государственной капитолии, но она отдала эту землю университету, когда Лансинг был выбран столицей штата. Университет переехал к Анн Арбор в 1837. Оригинальные 40 акров стали частью сегодняшнего Центрального кампуса. Первые занятия в Энн-Арборе состоялись в 1841 году, с шестью первокурсниками и второкурсником, преподавателями которых были два профессора или учителя. Одиннадцать студентов закончили первый класс в 1845 году. К 1866 году в УМ поступило 1205 студентов. Впервые женщины были допущены в 1870 году, что сделало УМ первым крупным университетом, который позволил женщинам ходить в школу. Джеймс Б. Ангелл, был президентом университета с 1871 по 1909 год, сделал UM учения включают в себя такие предметы, как стоматология, архитектура, инженерия, правительство и медицина. UM также стал первым американским университетом, преподающим в стиле семинара.
С 1900 по 1920 годы на территории кампуса было построено много новых зданий, в том числе здания для стоматологической и аптечной программ, здание для химии, здание для естественных наук, Холм Аудиториум, большие здания больницы и библиотеки, а также два общежития. Университет укрепил свою репутацию в области научных исследований в 1920 году, перестроив Инженерный колледж и создав группу из 100 промышленников, или бизнесменов, для оказания помощи в проведении исследований. Репутация UM как очень хорошего национального университета также начала расти в это время. Университет стал излюбленным выбором еврейских студентов из Нью-Йорка в 1920-х и 1930-х годах, когда школы Лиги плюща установили ограничение на количество евреев, подлежащих приему. Из-за этого UM получил прозвище "Гарвард Запада", о котором стали часто шутить наоборот после того, как Джон Ф. Кеннеди в своей речи назвал себя "выпускником Мичигана Востока, Гарвардского университета".
Во время Второй мировой войны исследования компании UM расширились и включили в себя такие проекты ВМФ США, как исследование бесконтактных взрывателей, PT-лодок и радиолокационных помех. К 1950 году в UM обучалось 21 000 студентов. С началом холодной войны и космической гонки, UM получил много государственных грантов на исследования и помог создать мирные способы использования ядерной энергии. В настоящее время большая часть этой работы, а также исследований в области других видов энергии проводится в рамках проекта "Мемориал Феникса".
14 октября 1960 года кандидат в президенты Джон Ф. Кеннеди выдвинул идею о том, что стало Корпусом мира на ступенях Мичиганского союза. Речь Линдона Б. Джонсона о его программе "Великое общество" также прозвучала в UM. Также в течение 1960-х годов в UM было много протестов со стороны студенческих групп. 24 марта 1965 года группа преподавателей УМ и 3000 студентов провели первый в истории страны "урок" под руководством преподавателей в знак протеста против американской политики в Юго-Восточной Азии. Из-за серии сидячих заездов, проведенных в 1966 году "Голосом" - политической партией "Студенты за демократическое общество" - администрация УМ запретила сидячие заезды. Это привело к тому, что 1500 студентов провели еще один час в здании LSA, в котором затем разместились административные офисы. Бывший студент УМа и важный архитектор Олден Б. Доу спроектировал нынешнее здание администрации Флеминга, строительство которого было завершено в 1968 году. Планы здания были составлены в начале 1960-х годов, до того, как студенческая активность создала заботу о безопасности. Тем не менее, узкие окна Флемингского здания, расположенные над первым этажом, и замок, похожий на замок снаружи, привели к тому, что в кампусе ходили слухи о том, что здание было сделано, чтобы быть защищенным от беспорядков. Доу опровергла слухи, сказав, что маленькие окна были сделаны, чтобы использовать меньше энергии.
В 1970-е годы большие бюджетные ограничения затрудняли физическое развитие университета; однако в 1980-е годы наблюдался резкий рост средств, выделяемых на исследования в области социальных и физических наук. В то время работа университета в рамках инициативы по стратегической противоракетной обороне и инвестиции в ЮАР вызвали гнев университетского городка. В 1980-е и 1990-е годы университет использовал множество ресурсов для восстановления своей большой больничной площади и благоустройства академических зданий на Северном кампусе. Университет также придал большое значение компьютерным и информационным технологиям на территории кампуса.
