Португальцы прибыли на остров Сан-Томе 21 декабря 1471 года, а на остров Принсипи - 17 января 1492 года. Поскольку это были дни, посвященные святым, оба острова носили имена святых. Остров Сан-Антау, прежнее название острова Принсипи, изменилось в 1500 году в честь принца Португалии.
Официальная историческая версия гласит, что до прибытия португальских моряков страна была необитаема.
Первое успешное португальское поселение на архипелаге появилось в 1493 году. Вулканическая почва островов оказалась благоприятной для выращивания сахарных культур. Для выращивания и сбора урожая сахара требовалась тяжелая работа. Для выполнения этой работы из Португалии привозили рабов. Поскольку другие страны стали производить больше сахара, острова не могли зарабатывать на этом. Вместо этого они стали местом остановки работорговли.
В 19 веке здесь выращивали кофе и какао. Они стали успешными. К 1908 году страна была крупнейшим производителем какао. Это самая важная культура для страны.
3 февраля 1953 года произошла резня в Батепа. В этой резне сотни местных жителей были убиты португальскими поселенцами. Португальцам нужны были рабочие для выращивания урожая. Местные жители заявили, что их используют как рабов. Губернатор приказал военным забирать всех местных жителей, которые не хотят работать.
В конце 1950-х годов одна из групп стремилась к независимости. Они назывались MLSTP (Движение за освобождение Сан-Томе и Принсипи). В 1974 году им удалось сместить Марсело Каэтано с поста своего лидера. 12 июля 1975 года Сан-Томе и Принсипи стали независимой страной. Первым президентом стал Мануэль Пинту да Кошта. Он был генеральным секретарем МЛСТП.
До 1990 года МЛСТП была единственной политической партией. Они изменили конституцию, чтобы разрешить существование других политических партий. Новая Партия демократической конвергенции (ПДС) получила большинство мест в Национальной ассамблее. Мигель Тровоада был избран президентом.