Miserere mei, Deus - это мотет, написанный для исполнения двумя хорами. Один хор состоит из пяти голосов - сопрано, альта, двух теноров и баса. Второй хор состоит из двух сопрано, альта и баритона. Один хор поет простую мелодию, называемую фокбурдон, которая основана на простецком напеве. Другой поет более сложную версию, с верхней частью, которая поднимается до верхнего С (нота на две октавы выше среднего С). Певцы также импровизировали некоторые части музыки, составляя сложные орнаментированные партии. Эти импровизации не записывались, а передавались от певца к певцу в хоре.
Аллегри написал Мизерере для исполнения в Сикстинской капелле во время празднования Пасхи. Во время службы, которая начиналась в 3.00 утра, горели 27 свечей. Папа постепенно гасил свечи, пока не оставалась только одна. Мизерере исполнялась, когда Папа молился у алтаря с единственной свечой.
Это музыкальное произведение стало очень популярным, и Ватикан не хотел, чтобы его исполнял кто-то другой. Никому не разрешалось выносить музыку из часовни или делать ее копии. Ватикан призывал отлучать от церкви всех, кто пытался сделать копию. Однако к 1770 году было известно три копии музыки. Одну из них Папа подарил императору Леопольду I. Вольфганг Амадей Моцарт посетил Сикстинскую капеллу во время путешествия по Европе со своим отцом в 1770 году. Ему было всего 14 лет, но он услышал это произведение и в тот же день записал всю музыку по памяти. Второе посещение позволило ему проверить правильность написания. Считается, что копия музыки Моцарта была отправлена в Англию, где ее опубликовал доктор Чарльз Берни. Можно предположить, что Моцарт написал импровизации в своей копии. В версии Берни импровизации отсутствуют, поэтому возможно, что он удалил их и уничтожил копию Моцарта, чтобы избежать проблем с церковью. В те времена не было законов об авторском праве, поэтому Ватикан ничего не мог с этим поделать.
Считается, что версия Miserere mei Deus, исполняемая сегодня, сильно отличается от произведения, которое сочинил Аллегри.