Первый срок
Одной из первых инициатив Говарда было объединение правительств штатов Австралии для введения запрета на владение оружием в Австралии. Этот шаг был предпринят после бойни в Порт-Артуре на Тасмании в 1996 году, где от рук стрелка погибли 35 человек и еще 37 были ранены. В 1998 году Говард и его казначей Питер Костелло провели большую налоговую реформу (GST) на выборах и победили.
Второй срок
В 1999 году правительство Джона Говарда провело референдум о том, должна ли Австралия стать республикой и иметь президента вместо королевы. Однако Джон Говард не поддержал референдум и призвал людей голосовать против. Оппозиционная Лейбористская партия Австралии во главе с Кимом Бизли критиковала действия Джона Говарда в связи со спором на австралийской набережной в 1998 году.
В 1999 году Говард возглавил силы ООН в Восточном Тиморе (INTERFET), чтобы помочь им установить независимую демократию.
Третий срок
После терактов 11 сентября Джон Говард был вовлечен в решение мировых проблем. Он был близок с Джорджем Бушем-младшим, который был лидером Соединенных Штатов. Джордж Буш назвал Джона Говарда "ключевым союзником". Джон Говард направил войска САСШ в Афганистан и Ирак для поддержки США и подписал с США соглашение о свободной торговле. Несмотря на этот союз, Австралия оставалась достаточно нейтральной в отношении Израиля и Палестины.
Как и до Говарда, торговля Австралии с Азией увеличилась во время пребывания Джона Говарда на посту лидера. Он впервые пригласил китайского лидера Ху Цзиньтао выступить в австралийском парламенте. После цунами 2004 года, произошедшего в День бокса, Джон Говард позвонил президенту Индонезии и предложил миллиард долларов для оказания помощи. Джон Говард значительно увеличил иммиграцию, и люди приезжали в Австралию со всего мира, но он пытался остановить суда с людьми, прибывающими без виз.
Четвертый срок
В 2005 году он облегчил начальникам избавление от работников, введя противоречивое промышленное законодательство WorkChoices, представленное его министром трудовых отношений Кевином Эндрюсом. Это расстроило людей, и Лейбористская партия стала более популярной. 24 ноября 2007 года Кевин Радд выиграл выборы, и Джон Говард перестал быть премьер-министром. Джон Говард также уступил свое место в парламенте кандидату от Лейбористской партии Максин МакКью, бывшей тележурналистке ABC.