После нападения Соединенные Штаты обвинили "Аль-Каиду", которую США считали террористической группировкой. Президент Джордж Буш сказал, что начнет "Войну с террором". Он имел в виду, что Соединенные Штаты сделают больше, чтобы попытаться остановить терроризм в будущем. Буш сказал, что это должно было защитить американцев и их собственность от террористов. Например, американское правительство будет реорганизовано. Была усилена безопасность и контроль в общественных местах, особенно в аэропортах. Американцам каждый день говорили, существует ли серьезная угроза терроризма. (Это было сделано путем придания цвета дня. Красный цвет означал высокий риск, зеленый - низкий, а между ними было много уровней).
Война с террором также привела к настоящим войнам. Лидер "Аль-Каиды" Усама бен Ладен жил в Исламском эмирате Афганистан. Соединенные Штаты сказали правительству Афганистана, призвав талибов, передать им бин Ладена. Талибы не стали бы этого делать. Лидер "Талибана" мулла Мухаммад Омар потребовал от правительства США доказательств. Если доказательства не будут представлены, мулла Омар сказал, что не передаст бин Ладена. Президент Джордж Буш сказал, что ему не нужно предоставлять доказательства. Затем Соединенные Штаты вступили в войну против Афганистана. Талибан был отстранен от власти, новое правительство пришло к власти, и народ Афганистана выбрал нового президента.
Пока это происходило, правительство Соединенных Штатов изменилось несколькими способами. Министерство транспорта США (DOT) создало Управление транспортной безопасности (TSA). До 11 сентября безопасность в американских аэропортах обеспечивалась авиакомпаниями. TSA сделало работу правительства по обеспечению безопасности аэропортов. Новые сотрудники были наняты TSA для работы в аэропортах и для полетов на самолетах в качестве маршалов авиации. TSA также обеспечивает безопасность в американских поездах и метро. Также было создано новое министерство национальной безопасности. Оно стало их задачей по защите американцев и их имущества внутри Соединенных Штатов. Когда этот департамент был создан, TSA перешло из министерства обороны в министерство национальной безопасности.
После победы над талибами, президент Джордж Буш подумал, что США должны вторгнуться в Ирак. Он считал, что Ирак помогает террористическим группировкам, в том числе "Аль-Каиде". Он сказал, что у него есть доказательства того, что Ирак также производит оружие массового уничтожения. Он послал госсекретаря Колина Пауэлла в ООН, чтобы показать им некоторые из доказательств. В марте 2003 года Соединенные Штаты начали вторжение в Ирак. (В нем участвовали также четыре другие страны, включая Соединенное Королевство, Австралию, Польшу и Данию). Правительство Ирака было свергнуто, и народ Ирака избрал новое правительство. Оружия массового уничтожения в Ираке обнаружено не было.
2 мая 2011 года котики ВМС Соединенных Штатов убили лидера "Аль-Каиды" Ус а м у бен Ладена, который руководил терактами 11 сентября 2001 года, в числе других террористических попыток.