В июле 1863 года жители Соединенных Штатов стали свидетелями самых страшных беспорядков в истории страны. В Нью-Йорке бунтовщики протестовали против первого в Америке призыва в армию. Они считали, что этот призыв был несправедливым. Он утяжелял положение бедных и позволял богатым купить себе выход. Участники беспорядков разрушили несколько зданий, включая приют для цветных сирот, и линчевали чернокожих с фонарных столбов. За четыре дня беспорядков погибло от 105 до 128 человек.
Песни Фостера плохо продавались в месяцы, предшествовавшие беспорядкам. Его лучшие дни как автора песен прошли. Его аудитория разделилась по политическим, экономическим и расовым признакам. В субботу 9 января 1864 года Фостер почувствовал недомогание и рано лег спать. Он остановился в бедной, но приличной гостинице на Бауэри. В воскресенье утром он разговаривал с горничной у своей двери, затем повернулся и упал, разбив кусок посуды, который поранил ему шею. За ним послали его товарища Джорджа Купера (который жил всего в четырех кварталах отсюда). Он нашел Фостера голым в луже крови. Автор песен прошептал: "Мне конец" и попросил выпить.
Прибыл врач, и рана была зашита. Фостера одели и отвезли в палату для бедных в больнице Бельвью. В регистратуре его записали как "чернорабочего". Он чувствовал себя неуютно, и ему не нравилась еда. 13 января он ел суп, когда потерял сознание. Его труп положили в гроб и увезли в больничный морг. В его кармане было найдено несколько монет и клочок бумаги с надписью: "Дорогие друзья и нежные сердца".
Причина его смерти неизвестна. Возможно, это было сочетание алкоголизма, плохого питания и потери крови, либо сердечный приступ или инсульт. Джейн Фостер и братья Стивена - Генри и Моррисон - забрали тело и отвезли его в Пенсильванию для погребения. Заупокойная служба состоялась в Троицкой епископальной церкви, Питтсбург, 21 января. На кладбище Аллегени гроб Фостера встречал духовой оркестр, исполнявший его мелодии. Он был похоронен рядом со своими отцом и матерью.
Его смерть не была зафиксирована в большинстве газет. Однако газета New York Post сравнила его мелодии с мелодиями Доницетти. The Round Table писал, что Фостер был "писателем-любителем", едва знакомым с правилами музыкальной композиции. Однако "Круглый стол" хвалил его пафос и юмор.
Многие песни после смерти Фостера рекламировались как его последние песни. "The Voices That are Gone" (опубликованная в 1865 году) и "Kiss Me Mother Ere I Die" (1869), вероятно, действительно являются его последними произведениями. В августе 1864 года инженер прусского происхождения купил "Белый коттедж" и снес его.