Лекомптон был основан в 1854 году на обрыве с южной стороны реки Канзас. Сначала город назывался "Лысый орел", но название было изменено на Лекомптон в честь Сэмюэля Лекомпта, главного судьи верховного суда территории. Весной 1855 года город стал столицей Территории Канзас. Президент Джеймс Бьюкенен выбрал губернатора и чиновников для создания правительственных учреждений в Лекомптоне. Первое почтовое отделение в Лекомптоне было создано в сентябре 1855 года.
Осенью 1857 года в зале Конституции собрался съезд. Они разработали знаменитую Лекомптонскую конституцию, согласно которой Канзас должен был стать рабовладельческим штатом. Конституция была отвергнута после бурных общенациональных дебатов и стала одной из главных идей дебатов Линкольна-Дугласа. Эти споры усилили борьбу, которая переросла в гражданскую войну. Лекомптонская конституция провалилась отчасти потому, что на выборах 1857 года антирабовладельцы получили контроль над законодательным собранием территории. Новый законодательный орган собрался в зале Конституции и быстро начал избавляться от законов, поддерживающих рабство.
Вскоре сторонники свободы попытались перенести столицу территории в Миннеолу, округ Франклин, Канзас, путем голосования, но законопроект был отклонен губернатором территории Канзас Джеймсом У. Денвером и признан недействительным генеральным прокурором США Иеремией С. Блэком. Таким образом, Лекомптон оставался столицей территории де-юре. Так было до тех пор, пока Топека не стала столицей, когда 29 января 1861 года Канзас стал штатом. Гражданская война в США началась 12 апреля 1861 года.