Дарфур занимает площадь около 493 180 км² (196 555 миль²) - чуть более двух третей площади Франции и более половины площади Кении. В основном это засушливое плато с горами Марра (Джебель Марра), грядой вулканических пиков высотой до 3000 м (10 100 футов), в центре региона. Главные города региона - Аль-Фашир, Ньяла и Генейна.
В физической географии можно выделить четыре основные черты. Вся восточная половина Дарфура покрыта равнинами и низкими холмами с песчаной почвой, известными как гоз, и холмами из песчаника. Во многих местах гоз безводен и может быть обитаем только там, где есть водохранилища или глубокие скважины. На севере гоз переходит в пустынные пески Сахары. Вторая особенность - вади, сезонные водотоки, от небольших речушек, которые разливаются лишь изредка во влажный сезон, до крупных вади, которые разливаются в течение большей части сезона дождей и текут из западного Дарфура на сотни миль к западу до озера Чад. Во многих вади есть аллювиальные котловины с богатой почвой, которые также трудно обрабатывать. На западе Дарфура преобладает третья особенность - цокольная порода, иногда покрытая тонким слоем песчаной почвы. Цокольные породы слишком неплодородны для земледелия, но они представляют собой спорадический лесной покров, на котором могут пастись животные. Четвертая и последняя особенность - горы Маррах, которые поднимаются до пика в кратере Дериба, где есть небольшой район с умеренным климатом, большим количеством осадков и постоянными источниками воды.
Сезон дождей длится с июня по сентябрь и превращает большую часть региона из пыльного коричневого в зеленый. Поскольку большая часть населения Дарфура занимается сельским хозяйством, дожди имеют жизненно важное значение. В обычные годы урожай готов к сбору к ноябрю. После сбора урожая сухие стебли можно скормить домашнему скоту. На крайнем севере пустыни между дождями могут проходить годы. На крайнем юге среднегодовое количество осадков составляет 700 мм, и многие деревья остаются зелеными круглый год.
