История происходит в то время, когда Испания только заканчивает войну с Францией. Между двумя странами достигнута договоренность, что дон Карлос, наследник испанского престола, женится на Елизавете, дочери короля Франции.
Первый акт
Дон Карлос хочет увидеть девушку, на которой он женится. Он едет во Францию и тайно присоединяется к королевской охоте, в которой принимает участие Елизавета. Элизабет и ее страница отделены от остальных. Карлос разговаривает с ней и предлагает забрать ее домой. Принцесса спрашивает его о принце, за которого она выйдет замуж. Карлос говорит, что ей не нужно беспокоиться, потому что принц добр и влюблен в нее. Затем он показывает Елизавете фотографию принца, а затем Елизавета, конечно, понимает, что это принц, с которым она разговаривает. Они поют любовный дуэт.
Затем приходят некоторые испанские чиновники и говорят Елизавете, что решено, что она не должна выходить замуж за принца: она должна выйти замуж за его отца, короля Испании. Двое влюбленных возмущены этой новостью. Толпа людей умоляет Елизавету согласиться на брак с королем Испании, чтобы война прекратилась. В конце концов, она согласна.
Акт II
Дон Карлос отправился в монастырь, чтобы успокоиться в своих страданиях. Его дед, Карл V, провел последние дни в этом монастыре. С ним разговаривает монах. Карлос думает, что монах похож на своего деда.
Карлос наполняется радостью, когда приходит его друг Родриг. Он только что вернулся из Фландрии, где еще много ссор. Карлос рассказывает ему секрет: он влюблен в Елизавету, которая теперь вышла замуж за его отца и поэтому является королевой Испании. Родриг говорит ему, что он должен тратить свое время на помощь беднякам Фландрии. Король и королева проходят мимо гробницы.
Когда королева покидает церковь, она идет в сад, где ее ждут дамы. Посланник дает ей письмо от матери в Париже, но в то же время тайно передает ей письмо от Карлоса. Родриг тихо разговаривает с Эболи, дамой королевы, пока королева читает письма. Родрик просит королеву попытаться убедить короля позволить Карлосу поговорить с ним. Эболи влюблена в Карлоса. Она заметила, как Карлос был взволнован, когда он был в присутствии королевы, и думает, что это потому, что Карлос любит ее (Эболи).
Карлосу предоставляется возможность встретиться с Элизабет наедине. Он спокойно спрашивает ее, сможет ли она убедить короля отправить его во Фландрию. Тем не менее, он не очень спокойный, и вскоре он начинает злиться на нее за то, что она не проявляет никаких любовных чувств к нему. Она говорит ему, что это ее долг теперь, когда она королева. Карлос понимает, но все еще влюблен в нее. Он падает к ее ногам. Он хватает ее и объявляет о своей любви к ней, но Королева срывается с него, и он в отчаянии устремляется.
Короли выходят из церкви. Он очень крест, что его жена осталась одна. Он говорит даме, которая ждет, чтобы она ушла. Королева утешает ее. Потом она и ее дамы уходят.
Родрик просит короля прекратить борьбу с народом Фландрии, который все еще умирает и голодает от голода. Король говорит, что они не были верны и заслуживают наказания. Он говорит Родригу, что боится того, что происходит между Елизаветой и Карлосом. Он говорит ему, чтобы он знал об инквизиции.
закон III
Бал в маске во дворце в Мадриде - общий план. Карлос ждет в саду королевы. В сад приходит дама в маске, как и все остальные. Он думает, что это королева, и рассказывает ей, как он ее любит. Когда леди снимает маску, он понимает, что это Эбони. Она обвиняет его в любви к королеве. В этот момент приходит Родрик. Он говорит Эбони, что Карлос нездоров и не понимает, о чем говорит. Но Эбони не обманут и планирует разрушить их любовную связь.
Вторая сцена акта проходит на площади в Мадриде. Готовится авто-да-фе. Во времена испанской инквизиции это была церемония, во время которой все, кто не соглашался с римско-католической церковью, были сожжены насмерть. Входят монахи, за ними следуют несчастные люди, которые будут сожжены. Народ поет о славе Испании. Появляется король Филипп и повторяет, как он будет бороться против любого, кто является врагом Римско-католической церкви. Шесть человек, включая Карлоса, появляются и бросаются к его ногам, умоляя его остановить свои войска от убийства фламандского народа. Король не услышит об этом. Некоторые из толпы поддерживают короля, но другие умоляют его помиловать. Затем Карлос просит отца позволить ему править Фландрией за него. Король не позволяет этого, потому что понимает, что это может быть возможность для Карлоса и фламандского народа восстать против него. Карлос в отчаянии. Он берет свой меч и говорит, что спасет Фландрию. Толпа с ужасом смотрит, как он ведет себя перед королем. Король приказывает своим солдатам отнять меч у Карлоса, но никто ему не подчиняется. В конце концов, Родрик (который понимает, что это будет плохо для него) спасает ситуацию, спокойно попросив у Карлоса меч. Он передает его, а Родрик отдает королю. Монахи идут дальше, и голос с небес обещает мир в грядущем мире.
АктIV
Король один в церкви. В чудесной арии он поет о своей печали, что его жена, кажется, не любит его. Входит Великий Инквизитор. Он очень стар и слеп. Король рассказывает ему о своем сыне и спрашивает Инквизитора, следует ли простить Карлоса или приговорить его к смерти. Инквизитор отвечает, что именно Родриг должен быть убит. Король осмеливается не согласиться. Инквизитор говорит королю, что он не отдает свое сердце Богу. Инквизитор уходит.
Королева спешит и просит Короля помочь ей найти шкатулку с драгоценностями, которые исчезли из ее комнаты. Король показывает ей, что она на столе. Он говорит ей, что она должна открыть его. Она так и делает. Сверху портрет Карлоса. Король очень зол и обвиняет ее в прелюбодеянии. Она падает в обморок. Король зовет на помощь Эболи и Родрига. Король сожалеет о своих подозрениях, но Эболи сожалеет еще больше, потому что именно она взяла гроб, потому что ревновала к Карлосу и Елизавете. Это она предложила королю заглянуть в шкатулку с драгоценностями. Родриг чувствует, что он может только спасти своего друга, предложив себя убить вместо Карлоса. Король и Родрик уезжают. Эбони бросается к ногам возродившейся королевы и признается, что сама виновата в прелюбодеянии, потому что спала с королем. Елизавета сохраняет спокойствие, но говорит Эбони уйти от нее навсегда и жить в монастыре. Когда Эбони остается одна, она выражает свои чувства ужасного страдания. Перед тем, как отправиться в монастырь, у неё есть ещё одно дело: попытаться спасти Карлоса от смерти.
Вторая сцена акта показывает, что Карлос в тюрьме. Родриг приходит к нему. Он знает, что фламандские письма, адресованные Карлосу, были найдены у него. Кто-то приходит и убивает Родрига. Умирая, он говорит Карлосу, что королева будет ждать его на следующий день возле монастыря и увидит его в последний раз. Он умирает.
Иногда на этом заканчивается IV акт, но на некоторых спектаклях продолжается сцена, в которой король пытается вернуть меч своему сыну, но Карлос обвиняет его в том, что он убил своего друга. Группа людей, в том числе Эболи, входит в тюрьму и плачет королю, чтобы освободить Карлоса. Появляется инквизитор. Он гневно говорит толпе, что они злы, чтобы пойти против воли Божьей. Он говорит им всем встать на колени и покаяться.
Акт V
Елизавета преклоняет колени перед гробницей Карла V. Поет о своей потерянной молодости во Франции (часть музыки из "Акта I" возвращается сюда). Она молится о мире. Затем Элизабет и Карлос в последний раз встречаются (их третий дуэт в опере) и желают счастья. Король и Инквизитор скрываются. Теперь они появляются и хватают Карлоса. Стражам приказано схватить его, но Карлос защищается. Вдруг слышен голос Карла V (или замаскированного монаха). Он берет внука в безопасное место в монастыре.