После смерти их отца, императора Уайна Капака, и их старшего брата, Нинана Куйочи, который был наследником, империя была разделена между двумя оставшимися в живых братьями, Уаскаром и Атауальпой. Уаскару досталась большая ее часть со столицей
Куско, а Атауальпе - северные районы, включая
Кито (ныне столица Эквадора). В течение нескольких лет братья правили без проблем. Но Хуаскар потребовал, чтобы Атауальпа присягнул ему. Атауальпа отказался, и началась гражданская война.
Последняя битва произошла у Кипайпана, где Уаскар был взят в плен. Атауальпа отдыхал в городе Кахамарка в Андах со своей армией в 80 000 человек, направляясь на юг и в Куско, чтобы заявить о своем троне.
К этому времени испанский конкистадор Франсиско Писарро в июле 1532 года основал город Пиура, первое испанское поселение в Перу. После двух месяцев похода Писарро прибыл в Кахамарку, имея под своим командованием всего 168 человек, и отправил Эрнандо де Сото, монаха Висенте де Вальверде и переводчика Фелипильо поговорить с Атауальпой об испанском присутствии.
Испанские посланники вернулись к Писарро, который подготовил внезапное нападение на армию Атауальпы в битве при Кахамарке 16 ноября 1532 года.
Согласно испанскому законодательству, испанцы официально объявили войну народу инков. Когда Атауальпа холодно спросил священника Вальверде, на каком основании он и его народ могут говорить такие вещи, Вальверде предложил ему Библию, сказав, что авторитет исходит от слов в ней. Он осмотрел ее и спросил, почему она не говорит с ним. Затем он бросил ее на землю. Это дало испанцам повод начать войну с инками. Они открыли огонь, и в течение двух часов было убито более двух тысяч воинов инков. Затем испанцы заключили Атауальпу в тюрьму в Храме Солнца.
Атауальпа все еще не мог поверить, что испанцы намерены захватить его королевство. Он думал, что если даст им золото и серебро, которые они искали, они уйдут. В обмен на свое освобождение он согласился заполнить золотом большую комнату и пообещал испанцам вдвое больше серебра. Хотя Писарро был ошеломлен таким предложением, он не собирался отпускать инку, поскольку ему нужно было влияние правителя на туземцев для поддержания порядка в окружающей стране.
Но затем Писарро решил казнить его, так как опасался, что его может освободить генерал инков. Писарро устроил шуточный суд и признал Атауальпу виновным в восстании против испанцев и убийстве Уаскара, своего родного брата. Атауальпа был приговорен к казни через сожжение. Он был в ужасе, поскольку инки верили, что душа не сможет отправиться в загробный мир, если тело будет сожжено. Монах Висенте де Вальверде, который ранее предложил Атауальпе Библию, снова вмешался и сказал Атауальпе, что если он согласится принять христианство, то убедит остальных смягчить приговор. Атауальпа согласился принять крещение в христианскую веру. Ему дали имя Хуан Сантос Атауальпа, а затем вместо сожжения задушили гарротой. Атауальпа умер 29 августа 1533 года. Преемником Атауальпы стал его брат, марионеточный инка Тупак Уальпа, а затем еще один брат Манко Инка Юпанки.
