В конце 1999 года Джимми Уэйлс задумался об онлайновой энциклопедии, созданной добровольцами. В январе 2000 года он нанял Ларри Сэнгера для управления ею. Проект был запущен 9 марта 2000 года. К ноябрю 2000 года было опубликовано всего две полные статьи.
С момента своего основания Nupedia была энциклопедией со свободным содержанием. Bomis, компания Джимми Уэйлса, собиралась получать деньги от рекламы на сайте Nupedia. Сначала проект использовал лицензию, которую придумали Уэйлс и Сэнгер. Позже он начал использовать лицензию Nupedia Open Content License. В январе 2001 года он перешел на лицензию GNU Free Documentation License. Это произошло потому, что Ричард Столлман и Фонд свободного программного обеспечения сказали, что они должны это сделать.
Также в январе 2001 года компания Nupedia основала Википедию. Сначала она не задумывалась как энциклопедия. Вместо этого она была задумана как побочный проект, позволяющий людям работать над статьями для Nupedia до того, как они пройдут экспертную оценку. Когда Википедия стала больше и привлекла новых пользователей, она стала работать без Нупедии. Однако сначала активность в Википедии возглавил Ларри Сэнгер. Это произошло потому, что он был главным редактором Нупедии.
Википедия привела к постепенному закрытию Нупедии. В декабре 2001 года Джимми Уэйлс решил прекратить платить Сэнгеру. После этого Сэнгер покинул и Нупедию, и Википедию. После ухода Сэнгера Нупедия стала еще менее заметной, чем Википедия. Поскольку Нупедией пользовались все меньше и меньше, иногда предлагалась идея заменить ее статьи на статьи Википедии. Однако это так и не было сделано. После закрытия Нупедии ее статьи были перенесены в Википедию.