Люди жили в Зальцбурге со времен нового каменного века до наших дней. Самая древняя находка в районе города датируется примерно 4500 годом до н.э. С 15 года до н.э. и после римской оккупации город назывался Иувавум. Римский город располагался на территории современного старого города вокруг Ваагплатц. Город стал важным местом, через которое можно было попасть с востока в провинцию Германию. Римляне покинули город в начале миграции варваров около 500 года. До 696 года об истории города можно сказать лишь немногое. В 696 году город был передан епископу Руперту герцогом Теодором II Баварским. Герцог приказал Руперту принести христианство на восток и юго-восток его страны. Руперт основал монастырь Святого Петра, а для женщин - монастырь Ноннберг. В 739 году Зальцбург стал резиденцией епископа, а в 774 году был построен первый кафедральный собор. В 998 году Зальцбург стал архиепископством, управляющим всей Баварией.
В средние века Зальцбург стал богатым благодаря торговле солью из близлежащего Дюрнберга в Галлейне. До 14 века Зальцбург был независим от Баварии и являлся государством в составе Священной Римской империи. В отличие от других городов империи, жители Зальцбурга подчинялись архиепископу. В эпоху барокко сформировался облик сегодняшнего города. Собор был перестроен в стиле барокко. Большинство архитекторов приехали из Италии. В 1622 году был основан университет. Из-за того, что это было католическое государство, протестанты имели в Зальцбурге тяжелое положение. В 1731 году протестанты, которые не вернулись к католической вере, должны были покинуть Зальцбург в течение восьми дней.
В начале 19 века Наполеон Бонапарт продвинул герцогство Зальцбург, которое позже вошло в состав Баварского королевства. Затем Зальцбург был аннексирован Австрией, возвращен Баварии и разделен между Баварией и Австрией. В 1918 году Зальцбург стал федеральной землей новой Австрийской Республики. В 1938 году Германия аннексировала Австрию, и Зальцбург стал частью Германии. В 1945 году, когда Австрия стала независимой от Германии, Зальцбург снова стал федеральной землей.
