Его северная граница выходит к проливу Ветар, напротив острова Ветар; он также граничит с муниципалитетами Лаутем на востоке, Викеке на юге и Манатуту на западе.
Площадь муниципалитета составляет 1 507,95 км2 (582,22 кв. миль). Большая часть муниципалитета находится на высоте от 100 до 500 м (330 - 1 640 футов). Находясь прямо на побережье, страна быстро опускается на уровень моря.
Самая высокая гора Баукау и третья по высоте в Восточном Тиморе - Матебиан, высота которой составляет 2 316 м (7 598 футов); она находится в подрайоне Квеликай.
Реки Лалея и Манулейден, расположенные на западе района, текут на север в пролив Ветар. Реки Сейсал, Борауай, Лекинамо, Бинагуа и другие малые реки находятся к востоку от города Баукау; только в Сейсале вода есть круглый год.
Баукау также имеет широкую береговую линию с песчаными пляжами, которые идеально подходят для купания и других водных видов спорта.