Регион Бургундия-Франш-Конте является шестым по величине регионом Франции с площадью 47 783,3 км2 (18 449 кв. миль). Он находится на северо-востоке Франции и граничит на севере с регионом Гранд-Эст, на западе - с регионами Иль-де-Франс и Центр-Валь-де-Луар, на юге - с регионом Овернь-Рона-Альпы, а на востоке - со Швейцарией (кантоны Во, Невшатель и Юра).
Расстояние от Безансона, столицы региона, до других городов составляет:
- Париж, столица страны, 410 км (255 миль);
- Бордо, 729 км (453 миль);
- Тулуза, 762 км (473 миль);
- Марсель, 538 км (334 миль);
- Лион, 227 км (141 миля);
- Монпелье, 523 км (325 миль);
- Ницца, 694 км (431 миля).
Реки
Главные реки региона - Сона и ее приток Дуб. Река Луара протекает на юго-западе региона, у Невера. Река Сена берет начало в департаменте Кот-д'Ор.
Горы
В регионе есть три основных горных хребта:
- Горы Вогезы находятся на северо-востоке региона, а самая высокая точка Бургун-Франш-Конте - Баллон-де-Серванс, высотой 1 216 м (3 990 футов).
- Горы Юра расположены вдоль восточных границ; здесь находится Кре-Пела, самая высокая точка Бургун-Франш-Конте с высотой 1495 м (4905 футов).
- Горы Морван находятся в центре западной части; самая высокая точка - Haut-Folin, высотой 901 м (2 956 футов).
Крет-Пела (46°24′50″N 6°1′19″E / 46.41389°N 6.02194°E / 46.41389; 6.02194 (Crêt Pela)), высотой 1 495 м (4 905 футов), является самой высокой горой региона Бургундия-Франш-Конте. Она находится в горном массиве Юра.
Самые высокие точки различных департаментов региона Бургун-Франш-Конте следующие:
| Департамент | Горный | Возвышение |
| Кот-д'Ор | Монт-де-Жен | 721 м (2 365 футов) |
| Doubs | Мон-д'Ор | 1 461 м (4 793 фута) |
| Юра | Крет Пела | 1 495 м (4 905 футов) |
| Ньевр | Мон-Пренели | 855 м (2 805 футов) |
| Верхняя Саона | Баллон де Серванс | 1 216 м (3 990 футов) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 м (2 956 футов) |
| Йонн | Лесистый лес | 607 м (1 991 фут) |
| Территория Бельфор | Баллон д'Эльзас | 1 247 м (4 091 фут) |