На левой стороне реки Haut du Cap Христофор Колумб построил небольшой форт из остатков корабля Santa María, когда тот был разрушен в Рождество 1492 года; он назвал форт La Navidad (в переводе с английского - "Рождество"). Этот форт был первым европейским зданием в Америке.
Регион вокруг города носил название Гуарико, которое использовали испанские колонисты для названия региона и нового города. Когда с острова Тортуга сюда приехали французы, они основали город в 1670 году, а в 1711 году французский король Людовик XIV назвал это место Кап-Франсэ; затем он был столицей колонии Сен-Домингю до 1770 года, когда новой столицей стал Порт-о-Пренс.
Город был разрушен испанцами в январе 1691 года после битвы при Лимонаде; Лимонад - это саванна к востоку от Кап-Аитьена. Позже, в 1695 году, город был снова разрушен испанскими и английскими солдатами.
Гаити, известное в колониальные времена как Сен-Доминго, было самой богатой колонией Франции, а Кап-Франсэ был самым богатым городом колонии. Тогда город был известен как "Париж запада".
Во время Гаитянской революции 18 ноября 1803 года произошло сражение в Вертьере, недалеко от Кап-Аитьена. В этом сражении армия Жан-Жака Дессалина разгромила французскую колониальную армию под командованием графа де Рошамбо, что привело к независимости Гаити 1 января 1804 года.
После провозглашения независимости Гаити страна была разделена на две части, и северная часть стала королевством Анри Кристофа, а название города было изменено на Кап-Анри. Кристоф сделал Милот, город в 15 км к югу от города, столицей своего королевства.
Город был назван Кап-Аитьен после смерти Кристофа и когда Гаити снова стала единой страной.
