В 1543 году португальские торговцы первыми ступили на землю Японии, на острове Танегасима. Шесть лет спустя миссионер-иезуит Франциск Ксавье прибыл на остров Кюсю в Кагосиму. Сначала португальские торговцы базировались в Хирадо. Затем они начали поиски лучшего порта. В 1570 году могущественный землевладелец или даймё по имени Ōмура Сумитада стал католиком. (Он заключил сделку с португальцами, чтобы сделать Нагасаки более удобным для торговли. Вскоре порт был открыт. В 1580 году Сумитада передал юрисдикцию Нагасаки иезуитам. Португальцы стали единственными, кто торговал шелком с Китаем через Макао.
Сёгун Иэмицу приказал создать искусственный остров в 1634 году. Сначала он сделал это, чтобы удержать португальских купцов, живших в Нагасаки, в одном районе. После восстания преимущественно христианского населения в районе Симабара-Амакуса правительство Токугава запретило въезд на остров всем западным гражданам, кроме голландских служащих Голландской Ост-Индской компании (Vereenigde Oostindische Compagnie, VOC). Без ежегодных португальских судов из Макао экономика Нагасаки сильно пострадала.
С 1609 года у голландцев был торговый пост на острове Хирадо. Правительственные чиновники заставили голландцев переехать с Хирадо на Дедзиму. С 1641 года в Японию разрешалось приходить только китайским и голландским кораблям.
Каждый корабль, прибывавший в Дедзиму, подвергался осмотру. Паруса снимались до тех пор, пока корабль не был готов к отплытию. Религиозные книги и оружие забирались. Религиозные службы на острове не разрешались.
Организация
Остров Дедзима был частью города Нагасаки. Дедзима был небольшим, 120 на 75 метров. Землей владели 25 местных японских семей. Они получали ежегодную арендную плату от голландцев. Остров был соединен с материком небольшим мостом с охраной. Здесь были дома для примерно двадцати голландцев и склады для товаров.
За голландцами наблюдали несколько японских чиновников, привратников и ночных сторожей. Был также главный надсмотрщик (отона), на которого работало около пятидесяти человек. Было несколько торговцев, которые продавали жителям Дедзимы еду и напитки, а также другие необходимые им товары. Также было около 150 цудзи ("переводчиков"). Все они должны были получать зарплату от VOC. Как и город Нагасаки, Дедзима находилась под непосредственным контролем Эдо, который осуществлял губернатор (Nagasaki bugyō).
Голландцам было очень дорого платить за свой торговый пост. Но торговля с Японией была очень прибыльной для VOC. Сначала они получали прибыль в размере 50% и более. В 18 веке торговля сократилась. Это произошло потому, что только двум кораблям в год разрешалось причаливать к Дедзиме. В 1795 году у VOC больше не было денег, и он обанкротился. После этого голландское правительство взяло на себя торговлю с Японией. Жизнь на Дедзиме стала особенно трудной, когда Нидерланды (тогда называвшиеся Батавской республикой) оказались под наполеоновским правлением Франции. Все контакты с родиной были прерваны. Некоторое время Дедзима была единственным местом в мире, где развевался голландский флаг, поскольку они не находились под властью Франции.
Самого главного голландского чиновника в Дедзиме голландцы называли Опперхоофд. Японцы также называли его Kapitan (от португальского capitão).
