После несколько беспокойного детства Анна прошла психоанализ у своего отца. Когда в 1922 году ее анализ был завершен, она сама стала психоаналитиком. Она преподавала в Венском психоаналитическом институте технику детского анализа. С 1925 по 1934 год она была секретарем Международной психоаналитической ассоциации. Она продолжала заниматься детским анализом и проводить семинары и конференции на эту тему.
После аншлюса в 1938 году Фрейды покинули Вену и приехали в Лондон. Сам Фрейд умирал от рака, поэтому Анна вела домашнее хозяйство. У Анны возникли профессиональные разногласия с Мелани Кляйн, которая приехала в Лондон намного раньше и уже была признанным детским психологом. Британское психоаналитическое общество провело серию "спорных дискуссий". Дискуссии касались обучения и идей обеих сторон. В конце концов было достигнуто соглашение о том, что обе "школы" должны сосуществовать внутри Общества. Сейчас в Обществе существует три отдела обучения: Кляйнианское, Фрейдистское и Независимое.
Во время войны Фрейд изучала влияние лишения родительской заботы на детей. Она создала центр для маленьких жертв войны под названием "Военный питомник в Хэмпстеде". Здесь дети получали патронажное воспитание, а матерям предлагалось навещать их как можно чаще.
В 1947 году Фрейд и Кейт Фридлендер основали Хэмпстедские курсы детской терапии. Пять лет спустя была добавлена детская клиника. Фрейд начал читать лекции по детской психологии.
С 1950-х годов и до конца жизни Фрейд регулярно ездила в Соединенные Штаты, чтобы читать лекции, преподавать и навещать друзей. В 1970-е годы она занималась проблемами эмоционально обездоленных и социально неблагополучных детей. В Йельской юридической школе она вела семинары по проблемам преступности и семьи.
Фрейд умерла в Лондоне 9 октября 1982 года. Она была кремирована в крематории Голдерс Грин, а ее прах помещен в мраморную полку рядом с древнегреческой погребальной урной ее родителей. Там же покоятся ее подруга всей жизни Дороти Берлингем и несколько других членов семьи Фрейд.
