Как и все восточные специи, перец исторически был и приправой, и лекарством. Длинный перец, будучи более сильным, часто был предпочтительным лекарством, но использовались оба варианта.
Черный перец упоминается в аюрведе, сиддхе и унани в Индии. В Сирийской книге лекарств V века перец (или, возможно, длинный перец) назначается при таких заболеваниях, как запор, диарея, ушная боль, гангрена, болезни сердца, грыжа, охриплость, несварение желудка, укусы насекомых, бессонница, боль в суставах, проблемы с печенью, болезни легких, нарывы в полости рта, солнечные ожоги, кариес и зубная боль. В различных источниках, начиная с V века, также говорится о пользе перца для лечения глазных болезней. Часто специальные мази, изготовленные на основе перца, наносятся непосредственно на глаза. В настоящее время нет никаких медицинских доказательств того, что любое из этих средств приносит пользу; применение перца непосредственно в глазу было бы весьма неудобным и, возможно, повредило бы его.
Долгое время люди считали, что причиной чихания является перец; это мнение верно и сегодня. Некоторые источники утверждают, что пиперин раздражает ноздри, что вызывает чихание; некоторые говорят, что это просто эффект мелкой пыли в молотом перце, а некоторые утверждают, что на самом деле перец вообще не является эффективным провокатором чихания. Для ответа на этот вопрос было проведено очень мало контролируемых исследований.
Перец может раздражать кишечник. Поэтому его исключают из рациона пациентов с операциями на брюшной полости и язвами. Замена обычно называется безвкусной диетой.
Перец содержит небольшое количество сафрола, канцерогенного соединения.
