Истоки
Миссурийский синод был основан несколькими общинами немецких лютеран в США. Ф. К. Д. Вайнекен занимался миссионерской работой в Индиане, Огайо и Мичигане. Мартин Стефан основал общину лютеран в округе Перри, штат Миссури, и в Сент-Луисе, штат Миссури. Вильгельм Лёхе отправил миссионеров в Мичиган и Огайо.
Саксонская иммиграция
В королевстве Саксония в XIX веке лютеранский пастор Мартин Стефан и многие его последователи считали, что их церковь будет вынуждена объединиться с реформатской церковью. Из-за этого Стефан и еще от 600 до 700 саксонских лютеран покинули Германию и переехали в Соединенные Штаты в ноябре 1838 года. У них было пять кораблей.
Их корабли прибыли между 31 декабря 1838 года и 20 января 1839 года в Новый Орлеан. Один корабль был потерян в море. После этого они поселились в округе Перри, штат Миссури. Сначала епископом был Стефан. Позже другие члены Церкви заявили, что Стефан был коррумпирован и блудодействовал, поэтому его выгнали. В результате новым лидером стал К. Ф. В. Вальтер.
Миссионеры Лёхе
В 1842 году немецкий пастор по имени Вильгельм Лёхе начал посылать миссионеров в Америку. Они основали общины в Огайо, Мичигане и Индиане.
Основание и первые годы
В 1844 и 1845 годах три вышеперечисленные группы (саксонцы, миссионеры Лёхе и Вайнекен) заговорили о создании синода. 26 апреля 1847 года двенадцать пасторов собрались в Чикаго, штат Иллинойс, и официально основали Немецкий евангелическо-лютеранский синод Миссури, Огайо и других штатов. Вальтер стал первым президентом.
Синод был консервативным. Лёхе покинул его из-за несогласия с некоторыми доктринами.
Синодальная конференция
В 1857 и 1872 годах LCMS вступила в общение с пятью другими консервативными лютеранскими синодами. Эти группы образовали Евангелическо-лютеранскую синодическую конференцию Северной Америки.
Переход на английский язык
В течение тридцати лет после своего основания Миссурийский синод ориентировался на немецкоязычных лютеран. В 1872 году члены Миссурийского синода вместе с тремя другими синодами основали "Английскую евангелическую лютеранскую конференцию Миссури". Эта группа ориентировалась на англоговорящих. В 1888 году она стала независимым синодом, а в 1911 году объединилась с LCMS.
Английский язык стал более распространенным в LCMS в течение первых двух десятилетий 20-го века. Некоторые прихожане отказались от всех служб на немецком языке.
После Второй мировой войны
В 1947 году синод сократил свое название до "Лютеранская церковь - Миссурийский синод". В 1964 году Национальная евангелическая лютеранская церковь, исторически финско-американская лютеранская церковь, объединилась с LCMS. В 1971 году Синод евангелических лютеранских церквей, исторически словацко-американская церковь, объединился с LCMS.
Синодическая конференция распалась в 1963 году. Шесть лет спустя LCMS образовала Лютеранский совет в Соединенных Штатах Америки (LCUSA) с несколькими другими лютеранскими синодами. Они были умеренными и либеральными. После этого LCMS снова стала становиться более консервативной.
Некоторые из более либеральных профессоров и студентов покинули семинарию "Конкордия" и основали "Семинекс". В 1976 году около 250 более либеральных общин покинули Синод. Затем LCMS вышла из LCUSA.