Пандоравирусы - это род очень крупных вирусов. Они имеют самые большие геномы среди всех вирусов этого рода. Как и другие крупные вирусы Mimivirus, Pithovirus и Megavirus, Pandoravirus заражает амеб. Его геном, содержащий от 1,9 до 2,5 мегабаз ДНК, в два раза больше, чем у мегавируса. Он значительно отличается от других крупных вирусов по внешнему виду и по структуре генома.
Хотя капсид Pithovirus на 50% больше по размеру, Pandoravirus имеет самый большой геном среди всех вирусов (2,5 миллиона пар оснований).
Около 93% генов пандоравируса не известны ни у каких других микробов. Это заставило некоторых ученых предположить, что вирус принадлежит к "четвертому домену", помимо бактерий, архей и эукариот. Вирусы в целом не относятся к этим трем доменам, но в прошлом некоторые биологи предлагали отнести их к одному из них.