В 1936 году Индиана Джонс пытается найти золотого идола в джунглях Перу. Его проводник, Сапито, предает его и пытается забрать идола себе, но погибает в одной из ловушек. После того как Джонс выходит из храма, он обнаруживает своего соперника Беллока и дюжину туземцев, держащих в руках копья. Джонс отдает идола и бежит к своему самолету.
Во время преподавания в колледже Маршалла к нему подходят представители армии США и говорят, что нацисты пытаются найти Ковчег Завета. Джонс хочет найти его первым, поэтому он отправляется в бар в Непале. Его старый учитель, Абнер Рэйвенвуд, пытался найти Ковчег, и у него есть головная часть Посоха Ра, важная деталь, необходимая для его поиска. Его дочь, Мэрион, теперь управляет баром Абнера, и она бьет его по лицу, потому что у них был роман, а он сбежал. Однако она приходит вместе с ним после того, как нацист Тохт и его друзья пытаются сами достать этот предмет.
Джонс и Рэйвенвуд летят в Каир и нанимают человека по имени Саллах, чтобы тот помог им. Они начинают раскопки в том месте, где, по их мнению, он находится. Нацисты захватывают Рэйвенвуд и заставляют Джонса думать, что она мертва. Саллах и Джонс делают некоторые расчеты и понимают, что нацисты копают не в том месте, потому что их посох слишком длинный. Джонс находит нужное место и начинает копать, находя его в месте под названием Колодец душ. Однако Беллок возвращается, поднимает ковчег и бросает туда Рэйвенвуда. Им удается спастись.
После битвы Джонс возвращает ковчег. Саллах сажает его на корабль, но нацисты на подлодке перехватывают корабль и обыскивают его. Джонсу удается бежать. Затем он берет большое оружие под названием Panzerschreck и угрожает взорвать Ковчег, когда его грузят на остров. Беллок решает, что Джонс блефует, и Джонс опускает оружие. Затем его и Марион связывают, пока Беллок и нацисты проверяют силу Ковчега, открывая его. Находящиеся внутри духи убивают всех. Джонс и Марион закрывают глаза и спасаются от гнева духов.
В конце фильма правительство помещает Ковчег на склад. Армия говорит Джонсу, что они изучают его, но Джонс не верит им. Марион пытается утешить его, говоря, что купит ему выпивку.