Леди Джулиана" отплыла раньше других каторжных судов и не всегда учитывается как часть Второго флота. Корабль снабжения "Юстиниан" не плыл вместе с каторжниками и прибыл раньше них. Корабль HMS Guardian отправился раньше каторжников, но после выхода из мыса Доброй Надежды попал в лед, вернулся в южную Африку и потерпел крушение на побережье.
Суда "Surprize", "Neptune" и "Scarborough" были отправлены фирмой "Camden, Calvert & King". Они согласились перевезти, одеть и накормить осужденных за плату в размере 17 фунтов стерлингов 7 шиллингов. 6d за голову Эта плата выплачивалась независимо от того, живыми или мертвыми высаживались осужденные на берег. Ранее эта фирма занималась перевозкой рабов в Северную Америку. Единственными представителями правительства на корабле были морской агент, лейтенант Джон Шапкот, и капитан охраны; весь остальной экипаж был предоставлен фирмой.
Второй флот покинул Англию 19 января 1790 года с 1006 каторжниками (928 мужчин и 78 женщин). По пути они сделали только одну остановку - у мыса Доброй Надежды. Здесь на борт были взяты 20 мужчин-каторжников, выживших с судна "Гардиан". Эти три корабля совершили путешествие быстрее, чем Первый флот, и прибыли в Порт-Джексон в последнюю неделю июня 1790 года. Это произошло через три недели после "Леди Джулианы" и через неделю после корабля снабжения "Юстиниан".
Путешествие было быстрым, но количество погибших людей было самым высоким за всю историю перевозок в Австралию. Из 1026 отправившихся каторжников 267 (256 мужчин и 11 женщин) умерли во время плавания (26%).
На "Нептуне" осужденным не давали достаточно пищи, их держали связанными цепями и редко выпускали на палубу. Многие из них заболели цингой. На корабле "Скарборо" их кормили, но из-за сообщения о попытке мятежа осужденных держали взаперти под палубой.
Капитан Уильям Хилл, начальник караула, позже писал, что капитаны кораблей кормили каторжников не для того, чтобы потом продать еду в другой стране. Они хотели, чтобы каторжники умерли быстро, чтобы не тратить на них еду и сохранить ее для последующей продажи.