Различают таксономию и систематику. Систематика занимается тем, как группы соотносятся друг с другом. Таксономия занимается созданием групп (таксонов), решая, что относится к одной группе. Таксономию также называют классификацией.
Особой частью таксономии является номенклатура. Она состоит из правил о том, какие названия следует использовать. Таксономист сначала решает, что входит, а что не входит в группу, а затем с помощью номенклатуры решает, какое название должна иметь эта группа. Если группа становится все больше и больше, она может получить другое название. С другой стороны, одно и то же название может относиться к большему таксону (по мнению одного конкретного таксономиста) или меньшему таксону (по мнению другого таксономиста). Это означает, что научные названия не гарантированно стабильны. Большинство названий стабильны, но для некоторых таксонов нет согласия относительно их названия, потому что таксономисты не согласны с тем, что относится к одному виду, а что не относится к другому.
Таксономист может сам решить, какие научные основания он принимает для создания группы (таксона). Если он не убедителен в своем выборе, другие таксономисты не согласятся с ним, и тогда они примут другие меры. В наши дни биологическая классификация в основном должна проводиться в соответствии с эволюционными (филогенетическими) отношениями, насколько они известны.
