Сила Кельвина была очень велика в его последние годы. Он был известен во всем мире как реформатор, отличный от Мартина Лютера. В основном, Лютер и Кельвин уважали друг друга. Однако Лютер и цюрих-реформатор Халдрих Цвингли по-разному относились к евхаристам. Мысли Кальвина заставили Лютера поверить, что Кальвин согласился с Цвингли. В то же время Кальвину было грустно, что реформаторы не все вместе. Он пытался объединить их, подписав Консенсус Тигуринус. Это было соглашение между Цюрихской и Женевской церквями.
Наибольшую помощь англоязычным людям Кальвин оказал, предоставив Мариану изгнанникам в Женеве защиту. Он делал это начиная с 1555 года. Под защитой города они могли создать свою собственную реформированную церковь под руководством Джона Нокса и Уильяма Уиттингема. Позже они перенесли многие из идей Кельвина обратно в Англию и Шотландию. Однако, Кельвин был больше всего заинтересован в попытке изменить свою родину, Францию. Он помогал строить церкви, раздавая литературу и предлагая служителей. Между 1555 и 1562 годами во Францию было послано более ста священнослужителей.
Внутри Женевы Кальвин в основном хотел сделать колледж, школу для детей. Место для строительства школы было выбрано 25 марта 1558 года. Она была открыта в следующем году 5 июня 1559 года. Она была разделена на две части. Одна часть была гимназией. Гимназия называлась Колледж или Шола Приват. Другая часть была продвинутой школой, называвшейся академия, или schola publica. За пять лет в гимназии училось 1 200 учеников, а в продвинутой - 300. Позднее Колледж стал Колледжем Кальвина, одним из подготовительных колледжей Женевы. Академия стала Женевским университетом.
Осенью 1558 года Кельвин заболел лихорадкой. Он боялся, что может умереть, прежде чем закончит свою последнюю ревизию институтов. Из-за этого он заставил себя работать. Последняя редакция стала намного длиннее, поэтому Кальвин назвал ее новой работой. Это была 21 глава в издании перед последней. Однако в последней было 80. Это было связано с тем, что в материале, который уже был, было больше деталей: больше тем на самом деле не было добавлено. Вскоре после того, как ему стало лучше, он напряг свой голос во время проповеди. Это заставило его яростно кашлять. Он прорвал кровеносный сосуд в лёгких. После этого его здоровье значительно ухудшилось. Он проповедовал свою последнюю проповедь в Сен-Пьере 6 февраля 1564 года. 25 апреля он составил завещание. В своем завещании он оставил немного денег своей семье и коллективу. Через несколько дней к нему пришли служители церкви. Он умер от сепсиса. Это прощание записано в "Дискуссиях в министром". Он вспомнил свою жизнь в Женеве. Кальвин умер 27 мая 1564 года. Ему было 54. На следующий день он был похоронен в безымянной могиле в Cimetière de Plainpalais. Люди не знают, где именно находится могила. Тем не менее, в 19 веке был добавлен камень, чтобы отметить могилу, которая традиционно считалась могилой Кальвина.
