Первые поселенцы прибыли зимой 1836 года из округа Харрис, штат Джорджия. Лидером этих поселенцев был судья Джон Дж. Харпер. Они хотели построить город, который стал бы религиозным и образовательным центром этой местности.
Оберн был впервые официально упомянут 2 февраля 1839 года. В то время его площадь составляла 2 квадратные мили (5,2 квадратных километра). К тому времени были построены методистская и баптистская церкви, а также школа. В середине 1840-х годов в дополнение к начальной школе были основаны различные академии для мальчиков и девочек. К 1858 году из примерно 1 000 свободных жителей Оберна около 500 были студентами.
В 1856 году законодательный орган штата разрешил построить в Оберне методистский колледж - Восточно-Алабамский мужской колледж. Этот колледж, ныне Университет Оберна, открыл свои двери в 1859 году. Он предлагал классическое и либеральное образование.
С началом Гражданской войны в 1861 году Оберн быстро опустел. Все школы и большинство предприятий закрылись. В Оберне располагался госпиталь для техасских солдат Конфедерации.
После Гражданской войны Оберн погрузился в долгую депрессию. Государственные школы вновь открылись только в середине 1870-х годов. Большинство предприятий оставались закрытыми. В результате серии пожаров в 1860-х и 1870-х годах сгорел центр города. Восточно-Алабамский мужской колледж был передан штату в 1872 году.
В 1892 году колледж стал первым четырехгодичным колледжем в Алабаме, где разрешили учиться женщинам. Это, в сочетании с новыми финансируемыми предприятиями, позволило городу снова начать расширяться. К 1910 году население Оберна вернулось к довоенному уровню. Чемпионаты конференции SIAA, выигранные футбольной командой колледжа Оберн, привлекли внимание и поддержку к Оберну. Это помогло пополнить городскую казну.
Деньги снова начали поступать в Оберн с вступлением Америки во Вторую мировую войну. Кампус Оберна был превращен в тренировочную базу для технических специалистов вооруженных сил. После войны Оберн наводнили солдаты, вернувшиеся в школу по программе G.I. Bill.
В связи с увеличением числа студентов в Оберне начался период роста, который продолжался на протяжении 1950-х и 1960-х годов. Оберн вырос за пределы первоначальных границ города. Оберн вырос до площади почти 24 квадратных миль (62 квадратных километра). В 1957 году началось строительство автомагистрали Interstate 85. Она соединила Оберн с крупными городами штата. Это позволило Университету Оберна проводить больше домашних футбольных матчей в Оберне. Это также способствовало развитию туристического сектора в Оберне.
В 1970-х годах рост несколько замедлился. Серия бюджетных сокращений показала, что концентрация экономики Оберна на Обернском университете поставила город в плохое положение.
По результатам серии отчетов в 1980-х и 1990-х годах система государственных школ Оберна стала одной из лучших в штате. В период с 1980 по 2003 год население Оберна выросло на 65%. Экономика Оберна выросла на 220%. С ростом возникли проблемы разрастания городов. Это стало главным политическим вопросом в Оберне на рубеже 21-го века.
