Большая часть населения Независимого государства Хорватия не была хорватской, в основном из-за включения Боснии. В нем проживало значительное количество сербов (около 19% населения Хорватии в то время, более 30% населения НДХ), боснийских мусульман (крупнейшая группа населения Боснии в то время и более 10% населения НДХ), немцев, венгров и других. Католики (в основном хорваты, немцы и мадьяры) составляли чуть более 50% от 6,3 млн. населения. Миле Будак, политик и министр НДХ - также хорватский писатель - немедленно воспользовался возможностью объявить мусульман "братьями" и хотел заставить их принять христианство. Многие хорваты согласны с идеей, что большинство боснийских мусульман на самом деле являются хорватами, которые были обращены в ислам во время вторжения турок в 15 веке.
Многие боснийские мусульмане приняли НДХ (во многих случаях их заставили принять его под страхом обращения в христианство или казни) и немедленно включились в работу. Самой печально известной из исламских усташских дивизий была 13-я горная ваффен-дивизия СС "Хандшар". В знак уважения к солдатам-мусульманам в Загребе - столице Хорватии - была построена мечеть, известная как "Поглавникова дзамия" или мечеть Поглавника. Несмотря на заверения Павелича о равенстве с хорватами, многие мусульмане быстро стали недовольны хорватским правлением. Один из мусульманских лидеров сообщил, что ни один мусульманин не занимал влиятельного поста в администрации. На территории НДХ начались ожесточенные бои между усташами, четниками и югославскими партизанами. Некоторые отряды усташского ополчения были убеждены, что мусульмане симпатизируют коммунистам, и сожгли их деревни и убили многих мирных жителей.
Усташе почти сразу же ввел в действие расовые законы, которые отражали принятие идеологии нацистской Германии и фашистской Италии, с акцентом на хорватские национальные вопросы.
Первый "Правовой приказ о защите народа и государства" от 17 апреля 1941 года предписывал смертную казнь за "посягательство на честь и жизненные интересы хорватского народа и выживание Независимого государства Хорватия". За ним вскоре последовали "Правовой порядок рас" и "Правовой порядок защиты арийской крови и чести хорватского народа" от 30 апреля 1941 года, а также "Приказ о создании и определении расово-политического комитета" от 4 июня 1941 года. Исполнение этих правовых актов осуществлялось не только через обычные суды, но и через новые внесудебные суды, а также мобильные военные суды с расширенной юрисдикцией.
Обычные тюрьмы уже не могли выдержать такого количества новых заключенных, и правительство усташей начало подготовку территории, которая к июлю 1941 года превратилась в концентрационный лагерь Ясеновац. В конечном итоге режим сформировал концентрационные лагеря в одиннадцати различных местах.
Усташи начали проводить целенаправленную кампанию массовых убийств, депортации и принудительного обращения в другую веру, пытаясь избавиться от сербов. Евреи и цыгане были подвергнуты полному уничтожению, т.е. кампании массовых убийств и, в меньшей степени, депортации.
Концентрационный лагерь Ясеновац станет местом убийства до ста тысяч человек (по некоторым оценкам, этот лагерь был третьим по величине лагерем Второй мировой войны). Общее число погибших в Устазе оценивается примерно в 600 000 человек, но все письменные документы были уничтожены, чтобы скрыть это.
Состояние постоянного террора, массовых убийств, изнасилований женщин и разграбления имущества своих жертв в Независимом государстве Хорватия заставило восстать, прежде всего, сербов. Согласно отчетам Глайзе фон Хорстенау, Гитлер был зол на Павелича, чья политика разжигала восстание в Хорватии - из-за чего Гитлер потерял возможность задействовать силы Независимого государства Хорватия на Восточном фронте. Более того, Гитлер был вынужден задействовать свои силы для подавления восстания. По этой причине 23 сентября 1942 года Гитлер вызвал Павелича в свой военный штаб в Винице (Украина). Вследствие этого Павелич заменил своего министра вооруженных сил Славко Кватерника менее ревностным Юре Францевичем. Перед встречей с Гитлером, чтобы успокоить общественность, Павелич опубликовал "Важное объявление правительства" ("Važna obavijest Vlade"), в котором он угрожал тем, кто распространял новости "о несуществующих угрозах разоружения усташских отрядов представителями одной иностранной державы, о замене хорватской армии иностранной армией, о возможности захвата власти в Хорватии иностранной державой...". (Hrvatski narod, 3 сентября 1942 г.).
Ганс Хельм, назначенный главой гестапо Независимого государства Хорватия, в своем конфиденциальном докладе - (под заголовком "Основа партизанской опасности" - направленном генералу Каше) от 14 января 1943 года, писал: "Большинство партизанских рядов происходит из сербов - из-за того, что они самым злодейским образом преследуются ......новый режим в Хорватии начал программы истребления и уничтожения сербов, которые (программы) публично поддерживаются высшими чинами хорватского правительства, и (программы) приняты как главная цель правительства". Тот факт, что с официальной усташской стороны - под давлением восстания и в связи с ходом событий - велись иные разговоры, говорилось даже о примирении, не оставляет возможности компенсировать вред, причиненный, например, д-ром Миле Будаком, фактическим (хорватским) министром в Берлине...". Назначенный генерал Хорстенау писал в своем отчете: "Движение усташей из-за совершенных ими ошибок и злодеяний, а также коррупции настолько скомпрометировано, что исполнительная ветвь власти (гоминьдан и полиция) должна быть отделена от правительства - даже ценой разрыва любых возможных связей с правительством...".
