Переходные окаменелости (или недостающие звенья) - это окаменелые останки форм жизни, которые демонстрируют признаки, характерные для двух различных групп. Это могут быть редкие ископаемые, такие как археоптерикс, которые демонстрируют ранние признаки группы, которая позже стала широко распространенной.

Редкость переходных форм интересна. Это говорит о том, что новые формы еще не доминируют в экологии своего времени, и их популяции относительно малы. Отсюда следует, что их окаменелостей будет мало. В известняке Зольнхофен, где был найден археоптерикс, больше примеров птерозавров нескольких родов, чем протоптиц. В юрском периоде птерозавры доминировали в воздухе.

Но в нижнем мелу ситуация меняется на противоположную. Птерозавры приходят в упадок, и в знаменитых китайских отложениях лагерштаттен, таких как биота Джехоль, обнаруживается большое количество различных видов птиц. Нижнемеловые птицы явно более птицеподобны, а развившиеся у них особенности позволили им вторгнуться в ниши обитания, которые ранее были уделом птерозавров, а может быть, вообще не использовались.