В конце юрского периода эта территория представляла собой архипелаг на краю моря Тетис. Здесь были спокойные лагуны, которые имели ограниченный доступ в открытое море, поскольку были окружены коралловыми рифами. Сток воды с суши был небольшим, а под солнцем испарение было высоким. Соленость поднималась настолько высоко, что образовавшийся рассол не мог поддерживать жизнь, за исключением верхней части водной толщи.
Самая нижняя вода была не только очень соленой, но и гипоксичной: с очень низким содержанием кислорода. Это было вызвано отсутствием перемешивания воды. На дне лагуны отсутствовали многие обычные падальщики. Из состояния воды следует, что почти все окаменевшие животные не жили в лагуне. Они должны были жить на суше, в воздухе или в море за рифом. Затем, когда они умирали, они падали, дрейфовали или попадали в лагуны с воздуха, океана или суши. Периодические штормы на море убивали летающих животных, а рыбы попадали на риф во взвесь мелкодисперсной извести. Там тела погружались в мертвую зону и сохранялись.
Попав в лагуну, тела оказывались погребенными в мягком карбонатном иле. Таким образом, многие нежные существа избежали поедания падалью или разрыва на части течениями. Сохранились крылья стрекоз, отпечатки шальных перьев и наземные растения, попавшие в лагуны.
"Разнообразие и количество известных окаменелостей обманчиво. Окаменелости встречаются довольно редко. Действительно, рабочий может проработать в карьере целый день и не найти ни одной окаменелости. Сотни лет разработки карьеров - вот что делает их внешне обычными".
Спектр ископаемых видов дает полное представление о местной экосистеме юрского периода. Временами лагуны почти высыхали, обнажая липкие карбонатные грязи, в которых задерживались насекомые и даже несколько небольших динозавров. Было идентифицировано более 600 видов. Было найдено семь родов и до 29 видов птерозавров. Это говорит о том, что в этой экосистеме птерозавры были более распространены и разнообразны, чем птицы. Размеры птерозавров варьировались от размеров воробья до 1,2 м (4 фута) в длину.
Мелкозернистая текстура илистого ила, образующего известняк, идеально подходит для изготовления литографических пластин для печати иллюстраций. Обширная разработка карьеров в 19 веке выявила множество ископаемых находок, о чем свидетельствует название Archaeopteryx lithographica, все образцы которого происходят из этих отложений. Считается, что ближайшим современным аналогом условий Зольнхофена является бассейн Орка в северной части Мексиканского залива, хотя эта область намного глубже лагун Зольнхофена.
