Гантухова стала профессиональной теннисисткой в 1989 году, когда ей было 15 лет. Она начала тренироваться во Флориде, но все же вернулась в Братиславу, Словакия, чтобы учиться. В 2000 году она выиграла свой первый турнир WTA, парный титул, который она выиграла в Братиславе. В 2001 году она сыграла свой первый турнир Большого шлема на Открытом чемпионате Австралии. В своем первом матче в Австралии Хантухова уступила россиянке Анне Курниковой. Однако в турнире смешанных пар она выиграла, сыграв с чешским игроком Леосом Фридлом. Во втором парном турнире WTA Гантухова выиграла у россиянки Елены Бовины в Люксембурге. Она закончила год в первой сотне и получила награду от Женской теннисной ассоциации (WTA) за то, что в 2001 году стала лучшей новой теннисисткой.
В 2002 году Гантухова проиграла в четвертьфинале и Уимблдонского чемпионата, и Открытого чемпионата США. Однако, сыграв с зимбабвийцем Кевином Ульеттом, она выиграла в парном разряде на Открытом чемпионате Австралии. Она также заняла второе место в парном разряде в Австралии, сыграв с испанцем Аранчой Санчесом Викарио. Она и Уллиетт проиграли в финале турнира в парном разряде на Уимблдоне в том же сезоне. Она выиграла свой первый турнир WTA в одиночном разряде, обыграв швейцарку Мартину Хингис на турнире Masters в Индиан-Уэллсе в Калифорнии. Она также выиграла еще два парных турнира WTA - во Флориде и Коннектикуте в США. Оба раза она выиграла у Аранты Санчес Викарио. Хантухова закончила сезон в первой десятке, а в 2002 году WTA вручила ей награду за то, что она стала самым совершенным игроком. В январе 2003 года Гантухова стала пятой лучшей теннисисткой мира. По состоянию на июнь 2008 года это лучшее, что она сделала. Позже в 2003 году она рассталась со своим английским тренером Найджелом Сирсом.
В 2004 и 2005 годах Сирс снова тренировала Хантухову, где она выиграла смешанные пары на Открытом чемпионате Франции и Открытом чемпионате США. Это означает, что она выиграла все четыре турнира Большого шлема в парном разряде. В июне 2005 года она и японский игрок Ай Сугияма выиграли турнир WTA в парном разряде в Бирмингеме (Англия). Эта же пара заняла второе место в финале парного турнира на Открытом чемпионате Франции. Хантухова выиграла свой шестой парный турнир WTA в октябре 2004 года в Германии у россиянки Анастасии Мыскиной.
Хантухова и Сугияма выиграли еще один парный турнир в марте 2006 года, на этот раз в Дохе в Катаре. В апреле 2006 г. Хантухова окончательно рассталась со своим тренером Сирсом. В мае 2006 года она выиграла свой восьмой парный турнир WTA в Риме в Италии, снова с Ай Сугиямой. Хантухова выиграла свой второй матч в одиночном разряде WTA Tour в марте 2007 года, снова обыграв Светлану Кузнецову в Индиан-Уэллсе. Затем она выиграла свой третий титул в турнире одиночного разряда в октябре 2007 года, обыграв швейцарского игрока Пэтти Шнайдер в Линце в Австрии. Хантухова проиграла в полуфинале Открытого чемпионата Австралии 2008 году сербской спортсменке Анне Иванович. Она также проиграла во втором раунде на Уимблдоне в июне 2008 года. С момента выхода в полуфинал Гантухова не смогла выйти за пределы четвертого круга ни в одном из турниров "Большого шлема".
Гантухова также играла в теннис для Словакии на международном теннисном соревновании, которое называется Кубок Федерации. По состоянию на июль 2011 года она сыграла 44 матча и выиграла 29 из них. Она помогла Словакии выиграть Кубок Федерации в 2002 году. В 2004 году она играла за Словакию на Олимпийских играх в Афинах, Греция. Ее спонсорами являются компания Nike, занимающаяся производством спортивной одежды, и производитель ракетки Prince. По состоянию на октябрь 2011 года, она выиграла более 7,9 миллионов долларов от игры в теннис. Она является первой словацкой женщиной, которая выиграла столько денег только с теннисных турниров.
.svg.png){kind=small}
;_Flag_of_Serbia_and_Montenegro_(2003–2006).svg.png){kind=small}
