24 июля 1844 года, после провозглашения независимости Доминиканской Республики, правительство создало пять департаментов (другое название провинции); одним из этих департаментов был департамент Эль-Сейбо с муниципалитетами Эль-Сейбо, Хато-Майор, Хигуэй и Самана. Первая конституция Доминиканской Республики сохранила это деление, но в качестве провинций, а не департаментов.
Первоначально в состав провинции входила вся восточная часть острова Испаньола, включая полуостров Самана. Но вскоре провинция была сокращена для создания новых провинций. Первыми двумя новыми провинциями, созданными на землях провинции Эль-Сейбо, стали Самана в 1865 году и Сан-Педро-де-Макорис в 1882 году.
В 1961 году из провинции Эль-Сейбо была выделена старая провинция Ла-Альтаграсия, которая позже была разделена на провинции Ла-Альтаграсия и Ла-Романа. Последней провинцией, образованной из части Эль-Сейбо, стала Хато-Майор в 1984 году.
Жители этой провинции участвовали в войне против Гаити во время Войны за независимость; лидером был Педро Сантана, у которого была ферма недалеко от города Эль-Сейбо, и который стал первым президентом страны.
До этого люди из Эль-Сейбо сражались против французской армии. Самым важным сражением была битва при Пало-Хинкадо, выигранная доминиканцами 7 ноября 1808 года в саванне (саванна Пало-Хинкадо) к востоку от Санта-Крус-дель-Сейбо. Вскоре французам пришлось покинуть страну и весь остров; они потеряли и Гаити.
Муниципальные округа провинции были созданы в:
- 1997 : Педро Санчес
- 2001: Эль Седро
- 2005: Джина
- 2006 : Сан-Франциско-Висентильо и Санта-Люсия